#!/usr/bin/env Rscript

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## LOAD LIBRARIES                             ##
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library(optparse)
library(UpSetR)

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## PARSE COMMAND-LINE PARAMETERS              ##
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option_list <- list(make_option(c("-i", "--input_file"), type="character", default=NULL, help="Path to tab-delimited file containing two columns i.e sample1&sample2&sample3 indicating intersect between samples <TAB> set size.", metavar="path"),
                    make_option(c("-o", "--output_file"), type="character", default=NULL, help="Path to output file with '.pdf' extension.", metavar="path"))

opt_parser <- OptionParser(option_list=option_list)
opt <- parse_args(opt_parser)

if (is.null(opt$input_file)){
    print_help(opt_parser)
    stop("Input file must be supplied.", call.=FALSE)
}
if (is.null(opt$output_file)){
    print_help(opt_parser)
    stop("Output pdf file must be supplied.", call.=FALSE)
}

OutDir <- dirname(opt$output_file)
if (file.exists(OutDir) == FALSE) {
    dir.create(OutDir,recursive=TRUE)
}

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## PLOT DATA                                  ##
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comb.dat <- read.table(opt$input_file,sep="\t",header=FALSE)
comb.vec <- comb.dat[,2]
comb.vec <- setNames(comb.vec,comb.dat[,1])
sets <- sort(unique(unlist(strsplit(names(comb.vec),split='&'))), decreasing = TRUE)

nintersects = length(names(comb.vec))
if (nintersects > 70) {
    nintersects <- 70
    comb.vec <- sort(comb.vec, decreasing = TRUE)[1:70]
    sets <- sort(unique(unlist(strsplit(names(comb.vec),split='&'))), decreasing = TRUE)
}

pdf(opt$output_file,onefile=F,height=10,width=20)

upset(
    fromExpression(comb.vec),
    nsets = length(sets),
    nintersects = nintersects,
    sets = sets,
    keep.order = TRUE,
    sets.bar.color = "#56B4E9",
    point.size = 3,
    line.size = 1,
    mb.ratio = c(0.55, 0.45),
    order.by = "freq",
    number.angles = 30,
    text.scale = c(1.5, 1.5, 1.5, 1.5, 1.5, 1.2)
)

dev.off()

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