# Filip: 

Opsplitsen files properties en geometries
 
Aanpassingen in Tran.1D:
- grid weggelaten als argument (nu onder dx gezet, dus nu kan dx een list zijn)
- error check aangepast (was niet consistent)
- any(v$int>0) formuleringen aangepast in de berekening boundary condities
. Wordt (v$int[1]>0) en (v$int[N+1]>0)
  
   


# Karline: DONE most things EXCEPT

Tran.volume.1D: ook u (advectie) - TOCH NIET GEDAAN - VERWARREND...
MOET DAN MAAR IN 2 STAPPEN...  -> uitleggen aan hand van vis voorbeeld


Changes in Tran.volume.1D:
EITHER flow is a vector and flow.lat is NULL -> flow.lat is estimated
OR
flow is one value, the flow rate at upstream boundary and flow.lat has a value
flow[1] + flow.lat used to estimate flow

added Ash-Free Dry Weight (sic)

Allow negative flow rates in tran.1D.volume OK - NOG TESTEN !


?negative flow.lat????

Allow negative flow rates in tran.2D



# QUESTION:

default value for C.lat=0 ? (prefer C.lat = C)

made tran.2D en tran.volume.1D compatible with tran.1D




#### GEVAARLIJKE OPTIES:    WAARSCHUWEN
# VF als vector !
## Zie Sidia.r

In SiDia model:

Porosity <- exp.profile(Grid$x.int, y.0=p.0, y.inf=p.inf, x.att=0.5)
Por.mid  <- exp.profile(Grid$x.mid, y.0=p.0, y.inf=p.inf, x.att=0.5)

EN in transport:

... VF = Porosity ....

 dDSi        <- DSiTran$dC                      +           # transport
                Dissolution * (1-Por.mid)/Por.mid           # biogeochemistry


GEVOLG: massa budget NIET gesloten. Probleem: 2 verschillende porositeiten:
Por. mid  voor geochemie; 0.5*(Porosity[1:N]+Porosity[2:(N+1)]) voor transport


##
zero-gradient en niet-backward advection -> influx ! keep in mind