################################################### ### chunk number 1: ################################################### library(tgp) library(maptree) #options(width=65) seed <- 0; set.seed(seed) ################################################### ### chunk number 2: ################################################### fb.train <- fried.bool(500) X <- fb.train[,1:13]; Z <- fb.train$Y fb.test <- fried.bool(1000) XX <- fb.test[,1:13]; ZZ <- fb.test$Ytrue ################################################### ### chunk number 3: ################################################### names(X) ################################################### ### chunk number 4: ################################################### fit1 <- bcart(X=X, Z=Z, XX=XX, verb=0) rmse1 <- sqrt(mean((fit1$ZZ.mean - ZZ)^2)) rmse1 ################################################### ### chunk number 5: cat-fbcart-mapt ################################################### tgp.trees(fit1, "map") ################################################### ### chunk number 6: ################################################### graphics.off() ################################################### ### chunk number 7: ################################################### fit2 <- btlm(X=X, Z=Z, XX=XX, verb=0) rmse2 <- sqrt(mean((fit2$ZZ.mean - ZZ)^2)) rmse2 ################################################### ### chunk number 8: cat-fbtlm-trees ################################################### tgp.trees(fit2, "map") ################################################### ### chunk number 9: ################################################### graphics.off() ################################################### ### chunk number 10: ################################################### fit3 <- btlm(X=X, Z=Z, XX=XX, basemax=10, verb=0) rmse3 <- sqrt(mean((fit3$ZZ.mean - ZZ)^2)) rmse3 ################################################### ### chunk number 11: cat-fbtlm-mapt ################################################### tgp.trees(fit3, "map") ################################################### ### chunk number 12: ################################################### graphics.off() ################################################### ### chunk number 13: ################################################### fit4 <- btgpllm(X=X, Z=Z, XX=XX, verb=0) rmse4 <- sqrt(mean((fit4$ZZ.mean - ZZ)^2)) rmse4 ################################################### ### chunk number 14: ################################################### fit4$gpcs ################################################### ### chunk number 15: ################################################### fit5 <- btgpllm(X=X, Z=Z, XX=XX, basemax=10, verb=0) rmse5 <- sqrt(mean((fit5$ZZ.mean - ZZ)^2)) rmse5 ################################################### ### chunk number 16: cat-fb-mapt ################################################### h <- fit1$post$height[which.max(fit1$posts$lpost)] tgp.trees(fit5, "map") ################################################### ### chunk number 17: ################################################### graphics.off() ################################################### ### chunk number 18: ################################################### fit6 <- btgpllm(X=X, Z=Z, XX=XX, basemax=10, splitmin=11, verb=0) rmse6 <- sqrt(mean((fit6$ZZ.mean - ZZ)^2)) rmse6