{ "cells": [ { "cell_type": "markdown", "id": "cba28528-09b7-4b84-8775-1e1e7aeb8ac5", "metadata": {}, "source": [ "# Supplemental Information" ] }, { "cell_type": "markdown", "id": "e6c9a93f-4f97-415f-8190-4e74d2ae297a", "metadata": {}, "source": [ "The following analyses can be found in the Supplementary Info section of our paper. They complement and extend the analyses presented in the main paper. " ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 1, "id": "42e1d194-697d-4180-afeb-78cfcdf44c86", "metadata": {}, "outputs": [ { "data": { "text/plain": [ "'0.1.0'" ] }, "execution_count": 1, "metadata": {}, "output_type": "execute_result" } ], "source": [ "import pandas as pd\n", "from neuprint import Client\n", "c = Client('neuprint.janelia.org', dataset='hemibrain:v1.2.1', token='') \n", "# insert personal token above. see https://connectome-neuprint.github.io/neuprint-python/docs/quickstart.html#client-and-authorization-token for instructions\n", "c.fetch_version()" ] }, { "cell_type": "markdown", "id": "72d792f6-243a-44bb-b65c-14511cb2972b", "metadata": {}, "source": [ "# Full tables of presynaptic and postsynaptic connectivity of clock neurons" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 2, "id": "a0c2e045-0002-4b0d-8fe4-76de50bc77bd", "metadata": {}, "outputs": [], "source": [ "from neuron_criteria import getClock\n", "from connection_utils import clock_neuron_connections\n", "\n", "clock_df = getClock(l_lnv=True)" ] }, { "cell_type": "markdown", "id": "0e0af8cd-2eae-4986-a551-8e1bbde25b90", "metadata": {}, "source": [ "We obtain a dataframe of all **postsynaptic** connections made by clock neurons. The dataframe is pivoted to show all postsynaptic neurons along the rows and all presynaptic clock neurons along the columns. The elements indicate the weight of the connection." ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 3, "id": "06198c07-923f-447b-b566-5210807a87dd", "metadata": {}, "outputs": [], "source": [ "# get connections from clock neurons to anything else\n", "from neuprint import fetch_adjacencies\n", "\n", "neuron_df_clock, clock_post_conns = fetch_adjacencies(clock_df['bodyId'], None, min_total_weight=1)\n", "clock_post_conns = clock_post_conns.groupby(['bodyId_pre', 'bodyId_post'], as_index=False)['weight'].sum() " ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 4, "id": "30af5921-aed2-4dff-8411-d1fde6d305d4", "metadata": {}, "outputs": [ { "data": { "text/html": [ "
| bodyId_pre | \n", "264083994 | \n", "296544364 | \n", "324846570 | \n", "325529237 | \n", "356818551 | \n", "386834269 | \n", "387166379 | \n", "387944118 | \n", "448260940 | \n", "450034902 | \n", "... | \n", "2068801704 | \n", "5813001741 | \n", "5813010153 | \n", "5813021192 | \n", "5813022274 | \n", "5813026773 | \n", "5813056917 | \n", "5813064789 | \n", "5813069648 | \n", "5813071319 | \n", "
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| bodyId_post | \n", "\n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " |
| 203253253 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "... | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "
| 203598647 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "... | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "
| 233105330 | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "2.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "... | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "
| 234630133 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "... | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "3.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "10.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "
| 234965803 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "2.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "... | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "
| ... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "
| 7112617046 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "... | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "
| 7112622017 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "2.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "... | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "
| 7112622236 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "... | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "
| 7112625263 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "... | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "
| 7112625363 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "... | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "
2899 rows × 28 columns
\n", "| bodyId_post | \n", "264083994 | \n", "296544364 | \n", "324846570 | \n", "325529237 | \n", "356818551 | \n", "386834269 | \n", "387166379 | \n", "387944118 | \n", "448260940 | \n", "450034902 | \n", "... | \n", "2068801704 | \n", "5813001741 | \n", "5813010153 | \n", "5813021192 | \n", "5813022274 | \n", "5813026773 | \n", "5813056917 | \n", "5813064789 | \n", "5813069648 | \n", "5813071319 | \n", "
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| bodyId_pre | \n", "\n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " |
| 200326126 | \n", "3.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "... | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "4.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "
| 233105330 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "... | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "2.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "
| 263475451 | \n", "NaN | \n", "2.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "2.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "... | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "
| 264083994 | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "3.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "... | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "10.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "81.0 | \n", "1.0 | \n", "
| 264822904 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "2.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "... | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "
| ... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "
| 7112616416 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "... | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "
| 7112616960 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "... | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "4.0 | \n", "NaN | \n", "
| 7112617046 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "... | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "3.0 | \n", "NaN | \n", "
| 7112622017 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "... | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "
| 7112626023 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "1.0 | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "... | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "NaN | \n", "
2115 rows × 28 columns
\n", "