#NEXUS
[Example of a Nexus file used in PopABC1.0]

[Individuals defined here]
BEGIN DATA;
DIMENSIONS NTAX=40 NCHAR=120;
FORMAT DATATYPE=DNA;
MATRIX

sample_b TTTAATTTTCATAGTGGGGTTAGGGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTGGCTGGA
ATTTCTTCTATTCTTGGAGCGATTAATTTTATTACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_b1 TTTAATTTTCATAGTGGGGTTAGGGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTGGCTGGA
ATTTCTTCTATTCTTGGAGCGATTAATTTTATTACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_b1c TTTAATTTTCATAGTGGGGTTAGGGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTGGCTGG
AATTTCTTCTATTCTTGGAGCGATTAATTTTATTACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B1M2k TTTAATTTTCATAGAGGGATTAGGGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCT
GGAATCTCTTCTATTCTTGGGGCGATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCAAAA

sample_q TTTAATTTTCATAGTGGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTGGAA
TCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_k TTTAATTTTCATAGTGGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTGGAA
TCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_f TTTAATTTTCATAGTGGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTGGAA
TCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B1M2a TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCT
GGAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B1M2b TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCT
GGAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B1M2d TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCT
GGAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B1M2e TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCT
GGAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B1M2f TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCT
GGAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B1M2g TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCT
GGAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B1M2h TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCT
GGAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

[not used]
sample_B1M2i TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCT
GGAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA
sample_B1M2j TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCT
GGAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B1M2l TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCT
GGAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B16a TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTG
GAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B16b TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTG
GAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B16c TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTG
GAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B16d TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTG
GAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B16e TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTG
GAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B16f TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTG
GAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B16g TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTG
GAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B16h TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTG
GAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B16i TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTG
GAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B16j TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTG
GAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B16k TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTG
GAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B16l TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTG
GAATCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_b TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTGGAA
TCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

[not used]
sample_d TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTGGAA
TCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_i TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTGGAA
TCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_l TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTGGAA
TCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_m TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTGGAA
TCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_n TTTAATTTTCATAGTAGGATTAGAGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTAGCTGGAA
TCTCTTCTATTCTTGGAGCAATTAATTTTATCACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_e TTTAATTTTCATAGTGGGGTTAGGGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTGGCTGGAA
TTTCTTCTATTCTTGGAGCGATTAATTTTATTACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_B1M2c TTTAATTTTCATAGTGGGGTTAGGGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTGGCT
GGAATTTCTTCTATTCTTGGAGCGATTAATTTTATTACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_g TTTAATTTTCATAGTGGGGTTAGGGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTGGCTGGAA
TTTCTTCTATTCTTGGAGCGATTAATTTTATTACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_j TTTAATTTTCATAGTGGGGTTAGGGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTGGCTGGAA
TTTCTTCTATTCTTGGAGCGATTAATTTTATTACTACAATTATTAATATACGACCTAAA

sample_p TTTAATTTTCATAGTGGGGTTAGGGTAGATTTGACTATTTTTAGACTCCATTTGGCTGGAA
TTTCTTCTATTCTTGGAGCGATTAATTTTATTACTACAATTATTAATATACGACCTAAA
;
END;

[Populations defined here]
BEGIN SETS;
  TAXSET 'population1' = 29-30 1-14 25-26;
  TAXSET 'population2' = 17-22;
  TAXSET 'population3' = 23-24 27 39;
  TAXSET 'population4' = 28 32-38 40;
END;