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https://doi.org/10.5281/zenodo.3688461
08 December 2025, 19:22:31 UTC
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    To reference or cite the objects present in the Software Heritage archive, permalinks based on SoftWare Hash IDentifiers (SWHIDs) must be used.
    Select below a type of object currently browsed in order to display its associated SWHID and permalink.

    • directory
    • snapshot
    • release
    origin badgedirectory badge
    swh:1:dir:8bb11b103fbf7e8499609361f7ff1729c3affa86
    origin badgesnapshot badge
    swh:1:snp:e0b9a173d49600c5b74569e63743814c7f8d8971
    origin badgerelease badge
    swh:1:rel:ef41dea14282bfbb65bd946c89d57bba14a2417a

    This interface enables to generate software citations, provided that the root directory of browsed objects contains a citation.cff or codemeta.json file.
    Select below a type of object currently browsed in order to generate citations for them.

    • directory
    • snapshot
    • release
    (requires biblatex-software package)
    Generating citation ...
    (requires biblatex-software package)
    Generating citation ...
    (requires biblatex-software package)
    Generating citation ...
    FileModeSize
    MQM.Rd -rw-r--r--5.5 KB
    a.starting.point.Rd -rw-r--r--11.9 KB
    add.cim.covar.Rd -rw-r--r--1.7 KB
    add.threshold.Rd -rw-r--r--2.3 KB
    addcovarint.Rd -rw-r--r--4.7 KB
    addint.Rd -rw-r--r--4.6 KB
    addloctocross.Rd -rw-r--r--2.2 KB
    addmarker.Rd -rw-r--r--1.2 KB
    addpair.Rd -rw-r--r--7.6 KB
    addqtl.Rd -rw-r--r--4.8 KB
    addtoqtl.Rd -rw-r--r--1.7 KB
    allchrsplits.Rd -rw-r--r--2.8 KB
    argmax.geno.Rd -rw-r--r--3.7 KB
    arithscan.Rd -rw-r--r--1.5 KB
    arithscanperm.Rd -rw-r--r--1.9 KB
    badorder.Rd -rw-r--r--1.0 KB
    bayesint.Rd -rw-r--r--1.7 KB
    bristle3.Rd -rw-r--r--1.6 KB
    bristleX.Rd -rw-r--r--1.6 KB
    c.cross.Rd -rw-r--r--1.3 KB
    c.scanone.Rd -rw-r--r--1.6 KB
    c.scanoneperm.Rd -rw-r--r--1.5 KB
    c.scantwo.Rd -rw-r--r--1.3 KB
    c.scantwoperm.Rd -rw-r--r--1.6 KB
    calc.errorlod.Rd -rw-r--r--2.9 KB
    calc.genoprob.Rd -rw-r--r--3.7 KB
    calc.penalties.Rd -rw-r--r--3.3 KB
    cbind.scanoneperm.Rd -rw-r--r--1.6 KB
    cbind.scantwoperm.Rd -rw-r--r--1.2 KB
    checkAlleles.Rd -rw-r--r--1.7 KB
    chrlen.Rd -rw-r--r--679 bytes
    chrnames.Rd -rw-r--r--557 bytes
    cim.Rd -rw-r--r--3.7 KB
    clean.cross.Rd -rw-r--r--847 bytes
    clean.scantwo.Rd -rw-r--r--1.6 KB
    cleanGeno.Rd -rw-r--r--1.9 KB
    comparecrosses.Rd -rw-r--r--817 bytes
    comparegeno.Rd -rw-r--r--1.3 KB
    compareorder.Rd -rw-r--r--2.0 KB
    condense.scantwo.Rd -rw-r--r--1.1 KB
    convert.map.Rd -rw-r--r--1.3 KB
    convert.scanone.Rd -rw-r--r--881 bytes
    convert.scantwo.Rd -rw-r--r--983 bytes
    convert2riself.Rd -rw-r--r--1015 bytes
    convert2risib.Rd -rw-r--r--912 bytes
    convert2sa.Rd -rw-r--r--1.2 KB
    countXO.Rd -rw-r--r--1.4 KB
    drop.dupmarkers.Rd -rw-r--r--1.1 KB
    drop.markers.Rd -rw-r--r--952 bytes
    drop.nullmarkers.Rd -rw-r--r--1015 bytes
    dropfromqtl.Rd -rw-r--r--1.5 KB
    droponemarker.Rd -rw-r--r--3.6 KB
    effectplot.Rd -rw-r--r--5.4 KB
    effectscan.Rd -rw-r--r--3.7 KB
    est.map.Rd -rw-r--r--5.3 KB
    est.rf.Rd -rw-r--r--1.6 KB
    fake.4way.Rd -rw-r--r--1.6 KB
    fake.bc.Rd -rw-r--r--1.8 KB
    fake.f2.Rd -rw-r--r--1.4 KB
    fill.geno.Rd -rw-r--r--3.3 KB
    find.flanking.Rd -rw-r--r--1.1 KB
    find.marker.Rd -rw-r--r--1.6 KB
    find.markerpos.Rd -rw-r--r--725 bytes
    find.pheno.Rd -rw-r--r--653 bytes
    find.pseudomarker.Rd -rw-r--r--1.8 KB
    findDupMarkers.Rd -rw-r--r--2.2 KB
    find_large_intervals.Rd -rw-r--r--764 bytes
    findmarkerindex.Rd -rw-r--r--762 bytes
    fitqtl.Rd -rw-r--r--7.9 KB
    fitstahl.Rd -rw-r--r--4.4 KB
    flip.order.Rd -rw-r--r--1.1 KB
    formLinkageGroups.Rd -rw-r--r--2.2 KB
    formMarkerCovar.Rd -rw-r--r--1.4 KB
    geno.crosstab.Rd -rw-r--r--1.2 KB
    geno.image.Rd -rw-r--r--2.0 KB
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    getid.Rd -rw-r--r--772 bytes
    groupclusteredheatmap.Rd -rw-r--r--2.3 KB
    hyper.Rd -rw-r--r--1.4 KB
    inferFounderHap.Rd -rw-r--r--1.7 KB
    inferredpartitions.Rd -rw-r--r--2.6 KB
    interpPositions.Rd -rw-r--r--1.7 KB
    jittermap.Rd -rw-r--r--961 bytes
    listeria.Rd -rw-r--r--2.0 KB
    locateXO.Rd -rw-r--r--1.9 KB
    locations.Rd -rw-r--r--1.5 KB
    lodint.Rd -rw-r--r--1.4 KB
    makeqtl.Rd -rw-r--r--2.9 KB
    map10.Rd -rw-r--r--821 bytes
    map2table.Rd -rw-r--r--1.1 KB
    mapthis.Rd -rw-r--r--1.4 KB
    markerlrt.Rd -rw-r--r--878 bytes
    markernames.Rd -rw-r--r--930 bytes
    max.scanPhyloQTL.Rd -rw-r--r--2.4 KB
    max.scanone.Rd -rw-r--r--1.9 KB
    max.scantwo.Rd -rw-r--r--2.7 KB
    movemarker.Rd -rw-r--r--1.1 KB
    mqmaugment.Rd -rw-r--r--4.8 KB
    mqmautocofactors.Rd -rw-r--r--2.2 KB
    mqmextractmarkers.Rd -rw-r--r--1.4 KB
    mqmfind.marker.Rd -rw-r--r--2.8 KB
    mqmgetmodel.Rd -rw-r--r--2.3 KB
    mqmpermutation.Rd -rw-r--r--5.0 KB
    mqmplotcircle.Rd -rw-r--r--3.8 KB
    mqmplotcistrans.Rd -rw-r--r--3.0 KB
    mqmplotclusteredheatmap.Rd -rw-r--r--2.6 KB
    mqmplotcofactors.Rd -rw-r--r--1.7 KB
    mqmplotdirectedqtl.Rd -rw-r--r--2.2 KB
    mqmplotheatmap.Rd -rw-r--r--2.2 KB
    mqmplotmultitrait.Rd -rw-r--r--2.4 KB
    mqmplotpermutations.Rd -rw-r--r--2.0 KB
    mqmplotsingletrait.Rd -rw-r--r--1.8 KB
    mqmprocesspermutation.Rd -rw-r--r--2.1 KB
    mqmscan.Rd -rw-r--r--6.7 KB
    mqmscanall.Rd -rw-r--r--3.4 KB
    mqmscanfdr.Rd -rw-r--r--4.0 KB
    mqmsetcofactors.Rd -rw-r--r--2.5 KB
    mqmtestnormal.Rd -rw-r--r--2.3 KB
    multitrait.Rd -rw-r--r--1.6 KB
    nchr.Rd -rw-r--r--724 bytes
    nind.Rd -rw-r--r--651 bytes
    nmar.Rd -rw-r--r--785 bytes
    nmissing.Rd -rw-r--r--921 bytes
    nphe.Rd -rw-r--r--648 bytes
    nqrank.Rd -rw-r--r--732 bytes
    nqtl.Rd -rw-r--r--893 bytes
    ntyped.Rd -rw-r--r--866 bytes
    nullmarkers.Rd -rw-r--r--632 bytes
    orderMarkers.Rd -rw-r--r--3.4 KB
    phenames.Rd -rw-r--r--549 bytes
    pickMarkerSubset.Rd -rw-r--r--1.9 KB
    plot.comparegeno.Rd -rw-r--r--1.1 KB
    plot.cross.Rd -rw-r--r--1.6 KB
    plot.errorlod.Rd -rw-r--r--2.4 KB
    plot.geno.Rd -rw-r--r--2.7 KB
    plot.info.Rd -rw-r--r--4.2 KB
    plot.map.Rd -rw-r--r--2.6 KB
    plot.missing.Rd -rw-r--r--1.7 KB
    plot.pheno.Rd -rw-r--r--1.4 KB
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    plot.qtl.Rd -rw-r--r--1.9 KB
    plot.rf.Rd -rw-r--r--3.0 KB
    plot.rfmatrix.Rd -rw-r--r--1.2 KB
    plot.scanPhyloQTL.Rd -rw-r--r--3.0 KB
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    plot.scanoneperm.Rd -rw-r--r--1.2 KB
    plot.scantwo.Rd -rw-r--r--6.6 KB
    plot.scantwoperm.Rd -rw-r--r--1.3 KB
    plotLodProfile.Rd -rw-r--r--3.9 KB
    plotModel.Rd -rw-r--r--2.4 KB
    pull.argmaxgeno.Rd -rw-r--r--1.5 KB
    pull.draws.Rd -rw-r--r--1.2 KB
    pull.geno.Rd -rw-r--r--1.3 KB
    pull.genoprob.Rd -rw-r--r--1.7 KB
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    qtlversion.Rd -rw-r--r--401 bytes
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    ripple.Rd -rw-r--r--3.2 KB
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    scanone.Rd -rw-r--r--21.1 KB
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    scanonevar.varperm.Rd -rw-r--r--1.6 KB
    scanqtl.Rd -rw-r--r--5.6 KB
    scantwo.Rd -rw-r--r--12.3 KB
    scantwopermhk.Rd -rw-r--r--4.9 KB
    shiftmap.Rd -rw-r--r--1.3 KB
    sim.cross.Rd -rw-r--r--8.3 KB
    sim.geno.Rd -rw-r--r--2.8 KB
    sim.map.Rd -rw-r--r--1.9 KB
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    simPhyloQTL.Rd -rw-r--r--5.0 KB
    simulateMissingData.Rd -rw-r--r--1.6 KB
    stepwiseqtl.Rd -rw-r--r--13.0 KB
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    subset.cross.Rd -rw-r--r--3.2 KB
    subset.map.Rd -rw-r--r--690 bytes
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    subset.scantwoperm.Rd -rw-r--r--1.4 KB
    summary.comparegeno.Rd -rw-r--r--1.0 KB
    summary.cross.Rd -rw-r--r--804 bytes
    summary.fitqtl.Rd -rw-r--r--1.3 KB
    summary.map.Rd -rw-r--r--1.1 KB
    summary.qtl.Rd -rw-r--r--916 bytes
    summary.ripple.Rd -rw-r--r--1.5 KB
    summary.scanPhyloQTL.Rd -rw-r--r--3.2 KB
    summary.scanone.Rd -rw-r--r--8.4 KB
    summary.scanoneboot.Rd -rw-r--r--1.1 KB
    summary.scanoneperm.Rd -rw-r--r--3.8 KB
    summary.scantwo.Rd -rw-r--r--8.4 KB
    summary.scantwo.old.Rd -rw-r--r--3.5 KB
    summary.scantwoperm.Rd -rw-r--r--1.7 KB
    switch.order.Rd -rw-r--r--1.8 KB
    switchAlleles.Rd -rw-r--r--1.5 KB
    table2map.Rd -rw-r--r--784 bytes
    top.errorlod.Rd -rw-r--r--1.4 KB
    totmar.Rd -rw-r--r--738 bytes
    transformPheno.Rd -rw-r--r--1.2 KB
    tryallpositions.Rd -rw-r--r--3.2 KB
    typingGap.Rd -rw-r--r--2.0 KB
    write.cross.Rd -rw-r--r--4.1 KB
    xaxisloc.scanone.Rd -rw-r--r--2.1 KB

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