https://doi.org/10.5281/zenodo.3688461
| File | Mode | Size |
|---|---|---|
| Makevars | -rw-r--r-- | 48 bytes |
| R_init.c | -rw-r--r-- | 243 bytes |
| R_init.h | -rw-r--r-- | 127 bytes |
| countXO.c | -rw-r--r-- | 4.1 KB |
| countXO.h | -rw-r--r-- | 3.1 KB |
| discan.c | -rw-r--r-- | 7.7 KB |
| discan.h | -rw-r--r-- | 3.6 KB |
| discan_covar.c | -rw-r--r-- | 12.1 KB |
| discan_covar.h | -rw-r--r-- | 4.0 KB |
| effectscan.c | -rw-r--r-- | 6.7 KB |
| effectscan.h | -rw-r--r-- | 2.1 KB |
| fill_geno_nodblXO.c | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
| fill_geno_nodblXO.h | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| findDupMarkers_notexact.c | -rw-r--r-- | 2.8 KB |
| findDupMarkers_notexact.h | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| fitqtl_hk.c | -rw-r--r-- | 11.4 KB |
| fitqtl_hk.h | -rw-r--r-- | 3.2 KB |
| fitqtl_hk_binary.c | -rw-r--r-- | 13.8 KB |
| fitqtl_hk_binary.h | -rw-r--r-- | 3.6 KB |
| fitqtl_imp.c | -rw-r--r-- | 17.4 KB |
| fitqtl_imp.h | -rw-r--r-- | 3.6 KB |
| fitqtl_imp_binary.c | -rw-r--r-- | 18.5 KB |
| fitqtl_imp_binary.h | -rw-r--r-- | 3.6 KB |
| forwsel.c | -rw-r--r-- | 8.8 KB |
| forwsel.h | -rw-r--r-- | 2.4 KB |
| hmm_4way.c | -rw-r--r-- | 18.8 KB |
| hmm_4way.h | -rw-r--r-- | 3.6 KB |
| hmm_bc.c | -rw-r--r-- | 5.9 KB |
| hmm_bc.h | -rw-r--r-- | 2.8 KB |
| hmm_bci.c | -rw-r--r-- | 14.6 KB |
| hmm_bci.h | -rw-r--r-- | 4.9 KB |
| hmm_bcsft.c | -rw-r--r-- | 53.4 KB |
| hmm_bcsft.h | -rw-r--r-- | 3.3 KB |
| hmm_bgmagic16.c | -rw-r--r-- | 5.7 KB |
| hmm_bgmagic16.h | -rw-r--r-- | 3.0 KB |
| hmm_f2.c | -rw-r--r-- | 10.8 KB |
| hmm_f2.h | -rw-r--r-- | 3.3 KB |
| hmm_f2i.c | -rw-r--r-- | 12.0 KB |
| hmm_f2i.h | -rw-r--r-- | 3.9 KB |
| hmm_main.c | -rw-r--r-- | 42.2 KB |
| hmm_main.h | -rw-r--r-- | 15.0 KB |
| hmm_ri4self.c | -rw-r--r-- | 6.7 KB |
| hmm_ri4self.h | -rw-r--r-- | 3.5 KB |
| hmm_ri4sib.c | -rw-r--r-- | 6.6 KB |
| hmm_ri4sib.h | -rw-r--r-- | 3.4 KB |
| hmm_ri8self.c | -rw-r--r-- | 8.9 KB |
| hmm_ri8self.h | -rw-r--r-- | 3.5 KB |
| hmm_ri8selfIRIP1.c | -rw-r--r-- | 6.8 KB |
| hmm_ri8selfIRIP1.h | -rw-r--r-- | 3.2 KB |
| hmm_ri8sib.c | -rw-r--r-- | 6.7 KB |
| hmm_ri8sib.h | -rw-r--r-- | 3.5 KB |
| hmm_util.c | -rw-r--r-- | 7.1 KB |
| hmm_util.h | -rw-r--r-- | 2.1 KB |
| inferFounderHap.c | -rw-r--r-- | 6.5 KB |
| inferFounderHap.h | -rw-r--r-- | 2.5 KB |
| info.c | -rw-r--r-- | 2.8 KB |
| info.h | -rw-r--r-- | 1.9 KB |
| lapackutil.c | -rw-r--r-- | 3.1 KB |
| lapackutil.h | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| markerlrt.c | -rw-r--r-- | 2.9 KB |
| markerlrt.h | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| mqm.h | -rw-r--r-- | 2.8 KB |
| mqmaugment.cpp | -rw-r--r-- | 31.8 KB |
| mqmaugment.h | -rw-r--r-- | 2.4 KB |
| mqmdatatypes.cpp | -rw-r--r-- | 6.2 KB |
| mqmdatatypes.h | -rw-r--r-- | 4.2 KB |
| mqmeliminate.cpp | -rw-r--r-- | 5.3 KB |
| mqmeliminate.h | -rw-r--r-- | 2.0 KB |
| mqmmapqtl.cpp | -rw-r--r-- | 11.9 KB |
| mqmmapqtl.h | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| mqmmixture.cpp | -rw-r--r-- | 13.6 KB |
| mqmmixture.h | -rw-r--r-- | 2.0 KB |
| mqmprob.cpp | -rw-r--r-- | 13.1 KB |
| mqmprob.h | -rw-r--r-- | 2.4 KB |
| mqmregression.cpp | -rw-r--r-- | 12.4 KB |
| mqmregression.h | -rw-r--r-- | 2.3 KB |
| mqmscan.cpp | -rw-r--r-- | 14.6 KB |
| mqmscan.h | -rw-r--r-- | 2.7 KB |
| pickMarkerSubset.c | -rw-r--r-- | 4.3 KB |
| pickMarkerSubset.h | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| ril48_reorg.c | -rw-r--r-- | 4.7 KB |
| ril48_reorg.h | -rw-r--r-- | 2.8 KB |
| ripple.c | -rw-r--r-- | 15.6 KB |
| ripple.h | -rw-r--r-- | 4.7 KB |
| scanone_ehk.c | -rw-r--r-- | 13.1 KB |
| scanone_ehk.h | -rw-r--r-- | 3.2 KB |
| scanone_em.c | -rw-r--r-- | 8.3 KB |
| scanone_em.h | -rw-r--r-- | 3.3 KB |
| scanone_em_covar.c | -rw-r--r-- | 14.7 KB |
| scanone_em_covar.h | -rw-r--r-- | 5.5 KB |
| scanone_hk.c | -rw-r--r-- | 10.7 KB |
| scanone_hk.h | -rw-r--r-- | 3.0 KB |
| scanone_hk_binary.c | -rw-r--r-- | 8.1 KB |
| scanone_hk_binary.h | -rw-r--r-- | 3.1 KB |
| scanone_imp.c | -rw-r--r-- | 20.2 KB |
| scanone_imp.h | -rw-r--r-- | 3.7 KB |
| scanone_mr.c | -rw-r--r-- | 6.9 KB |
| scanone_mr.h | -rw-r--r-- | 2.8 KB |
| scanone_np.c | -rw-r--r-- | 3.3 KB |
| scanone_np.h | -rw-r--r-- | 2.3 KB |
| scantwo_binary_em.c | -rw-r--r-- | 39.9 KB |
| scantwo_binary_em.h | -rw-r--r-- | 4.1 KB |
| scantwo_binary_hk.c | -rw-r--r-- | 28.1 KB |
| scantwo_binary_hk.h | -rw-r--r-- | 6.5 KB |
| scantwo_em.c | -rw-r--r-- | 39.6 KB |
| scantwo_em.h | -rw-r--r-- | 10.5 KB |
| scantwo_hk.c | -rw-r--r-- | 31.3 KB |
| scantwo_hk.h | -rw-r--r-- | 6.3 KB |
| scantwo_imp.c | -rw-r--r-- | 25.7 KB |
| scantwo_imp.h | -rw-r--r-- | 4.0 KB |
| scantwo_mr.c | -rw-r--r-- | 23.5 KB |
| scantwo_mr.h | -rw-r--r-- | 5.9 KB |
| scantwopermhk.c | -rw-r--r-- | 15.0 KB |
| scantwopermhk.h | -rw-r--r-- | 2.6 KB |
| simulate.c | -rw-r--r-- | 5.8 KB |
| simulate.h | -rw-r--r-- | 2.7 KB |
| simulate_ril.c | -rw-r--r-- | 21.8 KB |
| simulate_ril.h | -rw-r--r-- | 5.8 KB |
| stahl_mf.c | -rw-r--r-- | 4.8 KB |
| stahl_mf.h | -rw-r--r-- | 3.9 KB |
| standalone.h | -rw-r--r-- | 1.3 KB |
| summary_scantwo.c | -rw-r--r-- | 9.4 KB |
| summary_scantwo.h | -rw-r--r-- | 4.3 KB |
| test_bcsft.c | -rw-r--r-- | 4.8 KB |
| util.c | -rw-r--r-- | 28.9 KB |
| util.h | -rw-r--r-- | 12.2 KB |
| vbscan.c | -rw-r--r-- | 9.4 KB |
| vbscan.h | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| zeroin.c | -rw-r--r-- | 7.3 KB |
| zeroin.h | -rw-r--r-- | 798 bytes |