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evaluation
assembler_factory.py -rw-r--r-- 3.8 KB
binary_utils.py -rw-r--r-- 1.6 KB
components_assembly.py -rw-r--r-- 12.4 KB
compute_abundance.py -rw-r--r-- 6.0 KB
compute_assembly_stats.py -rw-r--r-- 9.5 KB
compute_compressed_graph_stats.py -rw-r--r-- 11.6 KB
compute_contigs_compatibility.py -rw-r--r-- 13.5 KB
compute_lca_from_tab.py -rw-r--r-- 6.7 KB
compute_pairwise_distance_matrix.py -rw-r--r-- 3.4 KB
compute_ref_coverage_histogram.py -rw-r--r-- 6.0 KB
compute_stats_from_lca.py -rw-r--r-- 4.0 KB
evaluate_assembly.py -rw-r--r-- 3.2 KB
exonerate_to_sam.py -rw-r--r-- 4.8 KB
extract_taxo_assign_from_RDP.py -rw-r--r-- 1.8 KB
extract_taxo_from_fasta.py -rw-r--r-- 1.7 KB
fasta_clean_name.py -rw-r--r-- 1.8 KB
fasta_get_lengths.py -rw-r--r-- 1.6 KB
fasta_length_filter.py -rw-r--r-- 3.5 KB
fasta_name_filter.py -rw-r--r-- 4.0 KB
fasta_utils.py -rw-r--r-- 1.1 KB
fastq_get_pairs.py -rw-r--r-- 4.2 KB
fastq_name_filter.py -rw-r--r-- 3.4 KB
fastq_restore_pairs.py -rw-r--r-- 1.5 KB
fastq_to_fasta.py -rw-r--r-- 3.4 KB
fastq_to_tab.py -rw-r--r-- 2.3 KB
fastq_utils.py -rw-r--r-- 1.6 KB
filter_sam_based_on_blast.py -rw-r--r-- 1.7 KB
filter_sam_by_pid.py -rw-r--r-- 5.4 KB
filter_score_multialign.py -rw-r--r-- 2.0 KB
generate_scaffolding_blast.py -rw-r--r-- 4.9 KB
get_HMP_OTU_psn.py -rw-r--r-- 4.4 KB
get_best_matches_from_blast.py -rw-r--r-- 2.8 KB
get_taxonomy_from_species_name.py -rw-r--r-- 5.3 KB
index_ref_db.py -rw-r--r-- 5.5 KB
interleave_fastq.py -rw-r--r-- 2.3 KB
krona.py -rw-r--r-- 1.1 KB
matam_assembly.py -rw-r--r-- 71.4 KB
matam_compare_samples.py -rw-r--r-- 7.2 KB
matam_db_preprocessing.py -rw-r--r-- 21.2 KB
rdp.py -rw-r--r-- 2.5 KB
remove_redundant_sequences.py -rw-r--r-- 3.4 KB
replace_Ns_by_As.py -rw-r--r-- 2.7 KB
replace_Ns_by_rand_nu.py -rw-r--r-- 1.9 KB
runner.py -rw-r--r-- 1.7 KB
sample_sam_by_coverage.py -rw-r--r-- 6.9 KB
scaffold_contigs.py -rw-r--r-- 4.3 KB
sga_assemble.py -rw-r--r-- 8.7 KB
sort_fasta_by_length.py -rw-r--r-- 3.7 KB
tab_to_fastq.py -rw-r--r-- 1.8 KB
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