https://github.com/satijalab/seurat
Tip revision: 25b830b0dd6f12538516f0faf9a3b3ddfd0ce6d8 authored by satijalab on 16 April 2019, 13:15:44 UTC
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Tip revision: 25b830b
| File | Mode | Size |
|---|---|---|
| ALRAChooseKPlot.Rd | -rw-r--r-- | 1007 bytes |
| AddMetaData.Rd | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
| AddModuleScore.Rd | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| AnchorSet-class.Rd | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| Assay-class.Rd | -rw-r--r-- | 958 bytes |
| AugmentPlot.Rd | -rw-r--r-- | 803 bytes |
| AverageExpression.Rd | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
| BarcodeInflectionsPlot.Rd | -rw-r--r-- | 1008 bytes |
| BuildClusterTree.Rd | -rw-r--r-- | 1.7 KB |
| CalculateBarcodeInflections.Rd | -rw-r--r-- | 2.3 KB |
| CaseMatch.Rd | -rw-r--r-- | 563 bytes |
| CellCycleScoring.Rd | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| CellScatter.Rd | -rw-r--r-- | 980 bytes |
| CellSelector.Rd | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| Cells.Rd | -rw-r--r-- | 439 bytes |
| CollapseSpeciesExpressionMatrix.Rd | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
| CombinePlots.Rd | -rw-r--r-- | 992 bytes |
| Command.Rd | -rw-r--r-- | 682 bytes |
| CreateAssayObject.Rd | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| CreateDimReducObject.Rd | -rw-r--r-- | 1.3 KB |
| CreateGeneActivityMatrix.Rd | -rw-r--r-- | 1.0 KB |
| CreateSeuratObject.Rd | -rw-r--r-- | 2.2 KB |
| CustomDistance.Rd | -rw-r--r-- | 786 bytes |
| CustomPalette.Rd | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| DefaultAssay.Rd | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| DietSeurat.Rd | -rw-r--r-- | 810 bytes |
| DimHeatmap.Rd | -rw-r--r-- | 2.2 KB |
| DimPlot.Rd | -rw-r--r-- | 3.4 KB |
| DimReduc-class.Rd | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| DoHeatmap.Rd | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
| DotPlot.Rd | -rw-r--r-- | 2.1 KB |
| ElbowPlot.Rd | -rw-r--r-- | 757 bytes |
| Embeddings.Rd | -rw-r--r-- | 792 bytes |
| ExpMean.Rd | -rw-r--r-- | 401 bytes |
| ExpSD.Rd | -rw-r--r-- | 419 bytes |
| ExpVar.Rd | -rw-r--r-- | 409 bytes |
| ExportToCellbrowser.Rd | -rw-r--r-- | 2.3 KB |
| FeaturePlot.Rd | -rw-r--r-- | 3.4 KB |
| FeatureScatter.Rd | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
| FetchData.Rd | -rw-r--r-- | 796 bytes |
| FindAllMarkers.Rd | -rw-r--r-- | 5.6 KB |
| FindClusters.Rd | -rw-r--r-- | 2.7 KB |
| FindConservedMarkers.Rd | -rw-r--r-- | 1.7 KB |
| FindIntegrationAnchors.Rd | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
| FindMarkers.Rd | -rw-r--r-- | 8.7 KB |
| FindNeighbors.Rd | -rw-r--r-- | 3.0 KB |
| FindTransferAnchors.Rd | -rw-r--r-- | 2.2 KB |
| FindVariableFeatures.Rd | -rw-r--r-- | 4.4 KB |
| GetAssay.Rd | -rw-r--r-- | 572 bytes |
| GetAssayData.Rd | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| GetIntegrationData.Rd | -rw-r--r-- | 492 bytes |
| Graph-class.Rd | -rw-r--r-- | 348 bytes |
| HTODemux.Rd | -rw-r--r-- | 2.0 KB |
| HTOHeatmap.Rd | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| HVFInfo.Rd | -rw-r--r-- | 863 bytes |
| HoverLocator.Rd | -rw-r--r-- | 849 bytes |
| Idents.Rd | -rw-r--r-- | 3.5 KB |
| IntegrateData.Rd | -rw-r--r-- | 2.2 KB |
| IntegrationData-class.Rd | -rw-r--r-- | 923 bytes |
| JS.Rd | -rw-r--r-- | 831 bytes |
| JackStraw.Rd | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| JackStrawData-class.Rd | -rw-r--r-- | 587 bytes |
| JackStrawPlot.Rd | -rw-r--r-- | 1.3 KB |
| Key.Rd | -rw-r--r-- | 1.0 KB |
| L2CCA.Rd | -rw-r--r-- | 321 bytes |
| L2Dim.Rd | -rw-r--r-- | 577 bytes |
| LabelClusters.Rd | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| LabelPoints.Rd | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| Loadings.Rd | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| LocalStruct.Rd | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| LogNormalize.Rd | -rw-r--r-- | 675 bytes |
| LogVMR.Rd | -rw-r--r-- | 424 bytes |
| MULTIseqDemux.Rd | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| MetaFeature.Rd | -rw-r--r-- | 957 bytes |
| MinMax.Rd | -rw-r--r-- | 670 bytes |
| Misc.Rd | -rw-r--r-- | 974 bytes |
| MixingMetric.Rd | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| NormalizeData.Rd | -rw-r--r-- | 1.9 KB |
| OldWhichCells.Rd | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
| PCASigGenes.Rd | -rw-r--r-- | 1015 bytes |
| PercentageFeatureSet.Rd | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| PlotClusterTree.Rd | -rw-r--r-- | 573 bytes |
| PolyDimPlot.Rd | -rw-r--r-- | 812 bytes |
| PolyFeaturePlot.Rd | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
| Project.Rd | -rw-r--r-- | 636 bytes |
| ProjectDim.Rd | -rw-r--r-- | 1.3 KB |
| Read10X.Rd | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| Read10X_h5.Rd | -rw-r--r-- | 702 bytes |
| ReadAlevin.Rd | -rw-r--r-- | 711 bytes |
| ReadAlevinCsv.Rd | -rw-r--r-- | 754 bytes |
| RelativeCounts.Rd | -rw-r--r-- | 796 bytes |
| RenameCells.Rd | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
| RidgePlot.Rd | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| RunALRA.Rd | -rw-r--r-- | 2.6 KB |
| RunCCA.Rd | -rw-r--r-- | 2.4 KB |
| RunICA.Rd | -rw-r--r-- | 2.1 KB |
| RunLSI.Rd | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
| RunPCA.Rd | -rw-r--r-- | 2.2 KB |
| RunTSNE.Rd | -rw-r--r-- | 2.9 KB |
| RunUMAP.Rd | -rw-r--r-- | 6.6 KB |
| SCTransform.Rd | -rw-r--r-- | 3.0 KB |
| SampleUMI.Rd | -rw-r--r-- | 770 bytes |
| ScaleData.Rd | -rw-r--r-- | 3.3 KB |
| ScoreJackStraw.Rd | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
| SelectIntegrationFeatures.Rd | -rw-r--r-- | 984 bytes |
| SetAssayData.Rd | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| SetIntegrationData.Rd | -rw-r--r-- | 511 bytes |
| Seurat-class.Rd | -rw-r--r-- | 1.9 KB |
| SeuratCommand-class.Rd | -rw-r--r-- | 593 bytes |
| SeuratTheme.Rd | -rw-r--r-- | 2.9 KB |
| SplitObject.Rd | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| Stdev.Rd | -rw-r--r-- | 764 bytes |
| StopCellbrowser.Rd | -rw-r--r-- | 289 bytes |
| SubsetByBarcodeInflections.Rd | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| SubsetData.Rd | -rw-r--r-- | 2.0 KB |
| TF.IDF.Rd | -rw-r--r-- | 667 bytes |
| Tool.Rd | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| TopCells.Rd | -rw-r--r-- | 853 bytes |
| TopFeatures.Rd | -rw-r--r-- | 933 bytes |
| TransferData.Rd | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| UpdateSeuratObject.Rd | -rw-r--r-- | 641 bytes |
| VariableFeaturePlot.Rd | -rw-r--r-- | 743 bytes |
| VariableFeatures.Rd | -rw-r--r-- | 930 bytes |
| VizDimLoadings.Rd | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| VlnPlot.Rd | -rw-r--r-- | 1.9 KB |
| WhichCells.Rd | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| as.Graph.Rd | -rw-r--r-- | 906 bytes |
| as.Seurat.Rd | -rw-r--r-- | 3.9 KB |
| as.SingleCellExperiment.Rd | -rw-r--r-- | 591 bytes |
| as.loom.Rd | -rw-r--r-- | 3.2 KB |
| as.sparse.Rd | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| cc.genes.Rd | -rw-r--r-- | 464 bytes |
| h5ad.Rd | -rw-r--r-- | 3.2 KB |
| merge.Seurat.Rd | -rw-r--r-- | 1.7 KB |
| oldseurat-class.Rd | -rw-r--r-- | 2.4 KB |
| pbmc_small.Rd | -rw-r--r-- | 841 bytes |
| print.DimReduc.Rd | -rw-r--r-- | 685 bytes |
| subset.Seurat.Rd | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
