https://github.com/cran/tgp
Tip revision: 80903f05d1487ec1898b1c7a022ac9d9db75720c authored by Robert B. Gramacy on 24 October 2008, 00:00:00 UTC
version 2.1-5
version 2.1-5
Tip revision: 80903f0
cat.R
###################################################
### chunk number 1:
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library(tgp)
library(maptree)
#options(width=65)
seed <- 0; set.seed(seed)
###################################################
### chunk number 2:
###################################################
fb.train <- fried.bool(500)
X <- fb.train[,1:13]; Z <- fb.train$Y
fb.test <- fried.bool(1000)
XX <- fb.test[,1:13]; ZZ <- fb.test$Ytrue
###################################################
### chunk number 3:
###################################################
names(X)
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### chunk number 4:
###################################################
fit1 <- bcart(X=X, Z=Z, XX=XX, verb=0)
rmse1 <- sqrt(mean((fit1$ZZ.mean - ZZ)^2))
rmse1
###################################################
### chunk number 5: cat-fbcart-mapt
###################################################
tgp.trees(fit1, "map")
###################################################
### chunk number 6:
###################################################
fit2 <- btlm(X=X, Z=Z, XX=XX, verb=0)
rmse2 <- sqrt(mean((fit2$ZZ.mean - ZZ)^2))
rmse2
###################################################
### chunk number 7: cat-fbtlm-trees
###################################################
tgp.trees(fit2, "map")
###################################################
### chunk number 8:
###################################################
fit3 <- btlm(X=X, Z=Z, XX=XX, basemax=10, verb=0)
rmse3 <- sqrt(mean((fit3$ZZ.mean - ZZ)^2))
rmse3
###################################################
### chunk number 9: cat-fbtlm-mapt
###################################################
tgp.trees(fit3, "map")
###################################################
### chunk number 10:
###################################################
fit4 <- btgpllm(X=X, Z=Z, XX=XX, verb=0)
rmse4 <- sqrt(mean((fit4$ZZ.mean - ZZ)^2))
rmse4
###################################################
### chunk number 11:
###################################################
fit4$gpcs
###################################################
### chunk number 12:
###################################################
fit5 <- btgpllm(X=X, Z=Z, XX=XX, basemax=10, verb=0)
rmse5 <- sqrt(mean((fit5$ZZ.mean - ZZ)^2))
rmse5
###################################################
### chunk number 13: cat-fb-mapt
###################################################
h <- fit1$post$height[which.max(fit1$posts$lpost)]
tgp.trees(fit5, "map")
###################################################
### chunk number 14:
###################################################
fit6 <- btgpllm(X=X, Z=Z, XX=XX, basemax=10,
splitmin=11, verb=0)
rmse6 <- sqrt(mean((fit6$ZZ.mean - ZZ)^2))
rmse6