https://github.com/cran/ape
History
Tip revision: 8b7c80f359589e2cefacf842ac6fd6abc59fd729 authored by Emmanuel Paradis on 03 May 2012, 00:00:00 UTC
version 3.0-4
Tip revision: 8b7c80f
File Mode Size
CADM.global.Rd -rw-r--r-- 8.8 KB
DNAbin.Rd -rw-r--r-- 4.5 KB
Initialize.corPhyl.Rd -rw-r--r-- 956 bytes
MPR.Rd -rw-r--r-- 2.3 KB
MoranI.Rd -rw-r--r-- 2.8 KB
SDM.Rd -rw-r--r-- 1.4 KB
ace.Rd -rw-r--r-- 8.7 KB
add.scale.bar.Rd -rw-r--r-- 1.7 KB
additive.Rd -rw-r--r-- 731 bytes
alex.Rd -rw-r--r-- 1.4 KB
all.equal.phylo.Rd -rw-r--r-- 2.7 KB
ape-internal.Rd -rw-r--r-- 780 bytes
ape-package.Rd -rw-r--r-- 1.3 KB
as.alignment.Rd -rw-r--r-- 2.0 KB
as.bitsplits.Rd -rw-r--r-- 661 bytes
as.matching.Rd -rw-r--r-- 2.2 KB
as.phylo.Rd -rw-r--r-- 3.3 KB
as.phylo.formula.Rd -rw-r--r-- 1.2 KB
axisPhylo.Rd -rw-r--r-- 924 bytes
balance.Rd -rw-r--r-- 1.0 KB
base.freq.Rd -rw-r--r-- 2.0 KB
bd.ext.Rd -rw-r--r-- 3.3 KB
bd.time.Rd -rw-r--r-- 3.1 KB
bind.tree.Rd -rw-r--r-- 4.0 KB
bionj.Rd -rw-r--r-- 1.2 KB
bird.families.Rd -rw-r--r-- 1.3 KB
bird.orders.Rd -rw-r--r-- 1.2 KB
birthdeath.Rd -rw-r--r-- 2.7 KB
boot.phylo.Rd -rw-r--r-- 6.5 KB
branching.times.Rd -rw-r--r-- 875 bytes
c.phylo.Rd -rw-r--r-- 1.6 KB
carnivora.Rd -rw-r--r-- 2.2 KB
cherry.Rd -rw-r--r-- 1.7 KB
chiroptera.Rd -rw-r--r-- 764 bytes
chronoMPL.Rd -rw-r--r-- 2.5 KB
chronopl.Rd -rw-r--r-- 5.2 KB
clustal.Rd -rw-r--r-- 3.0 KB
coalescent.intervals.Rd -rw-r--r-- 1.5 KB
collapse.singles.Rd -rw-r--r-- 453 bytes
collapsed.intervals.Rd -rw-r--r-- 2.4 KB
compar.cheverud.Rd -rw-r--r-- 2.5 KB
compar.gee.Rd -rw-r--r-- 5.1 KB
compar.lynch.Rd -rw-r--r-- 2.6 KB
compar.ou.Rd -rw-r--r-- 4.3 KB
compute.brlen.Rd -rw-r--r-- 2.3 KB
compute.brtime.Rd -rw-r--r-- 1.7 KB
consensus.Rd -rw-r--r-- 1.3 KB
cophenetic.phylo.Rd -rw-r--r-- 937 bytes
cophyloplot.Rd -rw-r--r-- 3.7 KB
corBlomberg.Rd -rw-r--r-- 2.0 KB
corBrownian.Rd -rw-r--r-- 2.2 KB
corClasses.Rd -rw-r--r-- 1.6 KB
corGrafen.Rd -rw-r--r-- 2.2 KB
corMartins.Rd -rw-r--r-- 2.2 KB
corPagel.Rd -rw-r--r-- 2.1 KB
correlogram.formula.Rd -rw-r--r-- 1.9 KB
cynipids.Rd -rw-r--r-- 850 bytes
dbd.Rd -rw-r--r-- 4.0 KB
del.gaps.Rd -rw-r--r-- 812 bytes
delta.plot.Rd -rw-r--r-- 1.6 KB
dist.dna.Rd -rw-r--r-- 10.0 KB
dist.gene.Rd -rw-r--r-- 1.9 KB
dist.topo.Rd -rw-r--r-- 2.4 KB
diversi.gof.Rd -rw-r--r-- 2.9 KB
diversi.time.Rd -rw-r--r-- 2.6 KB
diversity.contrast.test.Rd -rw-r--r-- 4.1 KB
drop.tip.Rd -rw-r--r-- 4.0 KB
edges.Rd -rw-r--r-- 1.9 KB
evonet.Rd -rw-r--r-- 2.5 KB
fastme.Rd -rw-r--r-- 1.5 KB
gammaStat.Rd -rw-r--r-- 1.5 KB
hivtree.Rd -rw-r--r-- 1.3 KB
howmanytrees.Rd -rw-r--r-- 2.5 KB
identify.phylo.Rd -rw-r--r-- 2.1 KB
image.DNAbin.Rd -rw-r--r-- 2.6 KB
is.binary.tree.Rd -rw-r--r-- 1014 bytes
is.compatible.Rd -rw-r--r-- 738 bytes
is.monophyletic.Rd -rw-r--r-- 1.9 KB
is.ultrametric.Rd -rw-r--r-- 815 bytes
kronoviz.Rd -rw-r--r-- 946 bytes
ladderize.Rd -rw-r--r-- 767 bytes
landplants.Rd -rw-r--r-- 955 bytes
lmorigin.Rd -rw-r--r-- 5.1 KB
ltt.plot.Rd -rw-r--r-- 6.7 KB
makeLabel.Rd -rw-r--r-- 2.7 KB
makeNodeLabel.Rd -rw-r--r-- 3.0 KB
mantel.test.Rd -rw-r--r-- 2.8 KB
mat3.Rd -rw-r--r-- 587 bytes
mat5M3ID.Rd -rw-r--r-- 332 bytes
mat5Mrand.Rd -rw-r--r-- 328 bytes
matexpo.Rd -rw-r--r-- 525 bytes
mcconwaysims.test.Rd -rw-r--r-- 2.1 KB
mcmc.popsize.Rd -rw-r--r-- 5.8 KB
mixedFontLabel.Rd -rw-r--r-- 2.3 KB
mrca.Rd -rw-r--r-- 778 bytes
mst.Rd -rw-r--r-- 2.9 KB
multi2di.Rd -rw-r--r-- 1.4 KB
multiphylo.Rd -rw-r--r-- 2.0 KB
mvr.Rd -rw-r--r-- 1.2 KB
nj.Rd -rw-r--r-- 1.2 KB
njs.Rd -rw-r--r-- 1.2 KB
node.depth.Rd -rw-r--r-- 594 bytes
nodelabels.Rd -rw-r--r-- 6.9 KB
opsin.Rd -rw-r--r-- 847 bytes
parafit.Rd -rw-r--r-- 7.4 KB
pcoa.Rd -rw-r--r-- 7.0 KB
phymltest.Rd -rw-r--r-- 6.1 KB
pic.Rd -rw-r--r-- 2.4 KB
pic.ortho.Rd -rw-r--r-- 2.1 KB
plot.correlogram.Rd -rw-r--r-- 2.2 KB
plot.phylo.Rd -rw-r--r-- 10.9 KB
plot.varcomp.Rd -rw-r--r-- 655 bytes
print.phylo.Rd -rw-r--r-- 1.1 KB
rTraitCont.Rd -rw-r--r-- 3.8 KB
rTraitDisc.Rd -rw-r--r-- 3.9 KB
rTraitMult.Rd -rw-r--r-- 2.1 KB
read.GenBank.Rd -rw-r--r-- 2.5 KB
read.caic.Rd -rw-r--r-- 2.7 KB
read.dna.Rd -rw-r--r-- 6.1 KB
read.nexus.Rd -rw-r--r-- 3.4 KB
read.nexus.data.Rd -rw-r--r-- 3.7 KB
read.tree.Rd -rw-r--r-- 5.0 KB
reorder.phylo.Rd -rw-r--r-- 1.7 KB
richness.yule.test.Rd -rw-r--r-- 1.2 KB
rlineage.Rd -rw-r--r-- 2.9 KB
root.Rd -rw-r--r-- 2.9 KB
rotate.Rd -rw-r--r-- 2.4 KB
rtree.Rd -rw-r--r-- 2.3 KB
seg.sites.Rd -rw-r--r-- 934 bytes
skyline.Rd -rw-r--r-- 5.3 KB
skylineplot.Rd -rw-r--r-- 3.0 KB
slowinskiguyer.test.Rd -rw-r--r-- 2.4 KB
speciesTree.Rd -rw-r--r-- 2.0 KB
stree.Rd -rw-r--r-- 1.3 KB
subtreeplot.Rd -rw-r--r-- 1.8 KB
subtrees.Rd -rw-r--r-- 1.0 KB
summary.phylo.Rd -rw-r--r-- 1.7 KB
treePop.Rd -rw-r--r-- 425 bytes
trex.Rd -rw-r--r-- 2.5 KB
triangMtd.Rd -rw-r--r-- 769 bytes
unique.multiPhylo.Rd -rw-r--r-- 1.2 KB
varCompPhylip.Rd -rw-r--r-- 2.7 KB
varcomp.Rd -rw-r--r-- 977 bytes
vcv.phylo.Rd -rw-r--r-- 1.8 KB
weight.taxo.Rd -rw-r--r-- 816 bytes
which.edge.Rd -rw-r--r-- 885 bytes
woodmouse.Rd -rw-r--r-- 938 bytes
write.dna.Rd -rw-r--r-- 3.9 KB
write.nexus.Rd -rw-r--r-- 1.4 KB
write.nexus.data.Rd -rw-r--r-- 3.0 KB
write.tree.Rd -rw-r--r-- 2.2 KB
yule.Rd -rw-r--r-- 1.7 KB
yule.cov.Rd -rw-r--r-- 4.0 KB
yule.time.Rd -rw-r--r-- 3.2 KB
zoom.Rd -rw-r--r-- 2.1 KB

back to top