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Tip revision: 62e7498b82e987ce16cc1d97e99b2e04f2f95eb3 authored by Andreas Raue on 10 December 2013, 03:12:35 UTC
Major Update: I implemented a nice way how we can save some time when parsing, writing c code and compiling the models. This is somewhat experimental. In my tests it worked fine. You can enable the new way by: ar.config.useSensiRHS = false;
Major Update: I implemented a nice way how we can save some time when parsing, writing c code and compiling the models. This is somewhat experimental. In my tests it worked fine. You can enable the new way by: ar.config.useSensiRHS = false;
Tip revision: 62e7498
File | Mode | Size |
---|---|---|
EvA2 | ||
Examples | ||
PLE2 | ||
arTools | ||
pthreads-w32_2.9.1 | ||
STRSCNE.m | -rw-r--r-- | 15.4 KB |
arCheck.m | -rw-r--r-- | 2.6 KB |
arChi2.m | -rw-r--r-- | 18.2 KB |
arChi2LHS.m | -rw-r--r-- | 556 bytes |
arChi2Test.m | -rw-r--r-- | 929 bytes |
arChi2s.m | -rw-r--r-- | 1.3 KB |
arClearCFiles.m | -rw-r--r-- | 300 bytes |
arCompareFit.m | -rw-r--r-- | 2.8 KB |
arCompareFits.m | -rw-r--r-- | 4.5 KB |
arCompile.m | -rw-r--r-- | 7.4 KB |
arCompileSSA.m | -rw-r--r-- | 5.0 KB |
arComputePriors.m | -rw-r--r-- | 194 bytes |
arConfig.m | -rw-r--r-- | 5.9 KB |
arCovariance.m | -rw-r--r-- | 948 bytes |
arCreateProject.m | -rw-r--r-- | 954 bytes |
arDisturb.m | -rw-r--r-- | 420 bytes |
arExportGenSSI.m | -rw-r--r-- | 3.9 KB |
arExportMathematica.m | -rw-r--r-- | 3.8 KB |
arExportMobi.m | -rw-r--r-- | 5.8 KB |
arExportModelToDaniel.m | -rw-r--r-- | 825 bytes |
arExportPW.m | -rw-r--r-- | 8.1 KB |
arExportSBML.m | -rw-r--r-- | 11.8 KB |
arExportSBML_manual.m | -rw-r--r-- | 5.7 KB |
arExportSBML_manual_l2v4.m | -rw-r--r-- | 6.3 KB |
arExportiVUN.m | -rw-r--r-- | 7.6 KB |
arExtendStr.m | -rw-r--r-- | 93 bytes |
arFiniteDifferences.m | -rw-r--r-- | 3.9 KB |
arFiniteDifferencesGlobal.m | -rw-r--r-- | 882 bytes |
arFit.m | -rw-r--r-- | 9.3 KB |
arFitDyn.m | -rw-r--r-- | 309 bytes |
arFitEvA2.m | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
arFitInit.m | -rw-r--r-- | 311 bytes |
arFitLHS.m | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
arFitObs.m | -rw-r--r-- | 312 bytes |
arFitPSO.m | -rw-r--r-- | 775 bytes |
arFitPSOFkt.m | -rw-r--r-- | 123 bytes |
arFitSingle.m | -rw-r--r-- | 305 bytes |
arFitSome.m | -rw-r--r-- | 351 bytes |
arFits.m | -rw-r--r-- | 3.6 KB |
arGetMultipleParameter.m | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
arGetPars.m | -rw-r--r-- | 861 bytes |
arGetVersion.m | -rw-r--r-- | 113 bytes |
arGradAndHessian.m | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
arImportPW.m | -rw-r--r-- | 4.5 KB |
arImportSBML.m | -rw-r--r-- | 10.9 KB |
arInit.m | -rw-r--r-- | 4.0 KB |
arInputFunctionsC.c | -rw-r--r-- | 11.8 KB |
arInputFunctionsC.h | -rw-r--r-- | 3.3 KB |
arLRT.m | -rw-r--r-- | 359 bytes |
arLinReg.m | -rw-r--r-- | 1.3 KB |
arLineMarkersAndColors.m | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
arLink.m | -rw-r--r-- | 16.3 KB |
arLoad.m | -rw-r--r-- | 301 bytes |
arLoadData.m | -rw-r--r-- | 29.2 KB |
arLoadFilename.m | -rw-r--r-- | 461 bytes |
arLoadModel.m | -rw-r--r-- | 19.4 KB |
arLoadPars.m | -rw-r--r-- | 2.0 KB |
arLogFitting.m | -rw-r--r-- | 721 bytes |
arLogNtoN.m | -rw-r--r-- | 378 bytes |
arLogPlotting.m | -rw-r--r-- | 306 bytes |
arMCMC.m | -rw-r--r-- | 9.2 KB |
arMLEDist.m | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
arMLEDistCompare.m | -rw-r--r-- | 4.2 KB |
arMLEDistPlot.m | -rw-r--r-- | 3.8 KB |
arMakeMeanAndStd.m | -rw-r--r-- | 1.3 KB |
arMatchHistWithEmpFunction.m | -rw-r--r-- | 631 bytes |
arMergePlot.m | -rw-r--r-- | 2.5 KB |
arMergePlotMulti.m | -rw-r--r-- | 2.2 KB |
arMomentODE.m | -rw-r--r-- | 878 bytes |
arMomentODE2.m | -rw-r--r-- | 2.4 KB |
arNLS.m | -rw-r--r-- | 8.6 KB |
arNLSTrustTrafo.m | -rw-r--r-- | 5.8 KB |
arNLSstep.m | -rw-r--r-- | 27.0 KB |
arNetworkGraph.m | -rw-r--r-- | 4.1 KB |
arNetworkGraphCompartments.m | -rw-r--r-- | 5.0 KB |
arNtoColsAndRows.m | -rw-r--r-- | 170 bytes |
arOptimizerTest.m | -rw-r--r-- | 4.2 KB |
arPLE.m | -rw-r--r-- | 1.3 KB |
arPLEConfidence.m | -rw-r--r-- | 8.7 KB |
arPLEInit.m | -rw-r--r-- | 2.9 KB |
arPLETrajectories.m | -rw-r--r-- | 3.5 KB |
arPLE_direct.m | -rw-r--r-- | 3.5 KB |
arPLErolling.m | -rw-r--r-- | 5.1 KB |
arPPL.m | -rw-r--r-- | 10.2 KB |
arParallelSpeedUpOptimize.m | -rw-r--r-- | 3.8 KB |
arParallelSpeedUpTest.m | -rw-r--r-- | 1.9 KB |
arParseModel.m | -rw-r--r-- | 45.1 KB |
arPlot.m | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
arPlot3D.m | -rw-r--r-- | 636 bytes |
arPlotChi2s.m | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
arPlotClockTimes.m | -rw-r--r-- | 891 bytes |
arPlotFit.m | -rw-r--r-- | 3.6 KB |
arPlotFits.m | -rw-r--r-- | 4.3 KB |
arPlotMCMCChainACFs.m | -rw-r--r-- | 2.0 KB |
arPlotMCMCChains.m | -rw-r--r-- | 2.3 KB |
arPlotMCMCProfiles.m | -rw-r--r-- | 4.0 KB |
arPlotMarginalized.m | -rw-r--r-- | 4.6 KB |
arPlotMerged.m | -rw-r--r-- | 9.7 KB |
arPlotMulti.m | -rw-r--r-- | 43.4 KB |
arPlotPLE.m | -rw-r--r-- | 3.9 KB |
arPlotPPL.m | -rw-r--r-- | 2.9 KB |
arPlotPPLMulti.m | -rw-r--r-- | 7.7 KB |
arPlotParameterHists.m | -rw-r--r-- | 970 bytes |
arPlotParameterProfiles.m | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
arPlotParameters.m | -rw-r--r-- | 472 bytes |
arPlotPriors.m | -rw-r--r-- | 1.3 KB |
arPlotResiduals.m | -rw-r--r-- | 3.0 KB |
arPlotS.m | -rw-r--r-- | 223 bytes |
arPlotSRES.m | -rw-r--r-- | 4.5 KB |
arPlotSRESERR.m | -rw-r--r-- | 4.5 KB |
arPlotSSAnoise.m | -rw-r--r-- | 947 bytes |
arPlotSX.m | -rw-r--r-- | 5.4 KB |
arPlotSY.m | -rw-r--r-- | 4.4 KB |
arPlotSYSTD.m | -rw-r--r-- | 4.4 KB |
arPlotSample.m | -rw-r--r-- | 4.4 KB |
arPlotScan.m | -rw-r--r-- | 4.1 KB |
arPlotSglobal.m | -rw-r--r-- | 2.4 KB |
arPlotV.m | -rw-r--r-- | 14.3 KB |
arPlotX.m | -rw-r--r-- | 27.1 KB |
arPlotY.m | -rw-r--r-- | 33.2 KB |
arPlotter.fig | -rw-r--r-- | 4.0 KB |
arPlotter.m | -rw-r--r-- | 7.6 KB |
arPresentation.m | -rw-r--r-- | 51.2 KB |
arPrint.m | -rw-r--r-- | 2.7 KB |
arPrintChi2.m | -rw-r--r-- | 3.9 KB |
arProfileODE.m | -rw-r--r-- | 12.6 KB |
arQuasiSSApproximation.m | -rw-r--r-- | 3.4 KB |
arQuasiSSApproximation2.m | -rw-r--r-- | 1.9 KB |
arRaiseFigs.m | -rw-r--r-- | 530 bytes |
arReport.m | -rw-r--r-- | 44.5 KB |
arResample.m | -rw-r--r-- | 1.0 KB |
arReset.m | -rw-r--r-- | 358 bytes |
arSSA.m | -rw-r--r-- | 2.7 KB |
arSSACalc.c | -rw-r--r-- | 17.5 KB |
arSample.m | -rw-r--r-- | 2.0 KB |
arSave.m | -rw-r--r-- | 4.4 KB |
arSaveData.m | -rw-r--r-- | 2.3 KB |
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arSavePlots.m | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
arScan.m | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
arScanChi2s.m | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
arSetParallelThreads.m | -rw-r--r-- | 716 bytes |
arSetPars.m | -rw-r--r-- | 2.2 KB |
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arShowDataConditionStructure.m | -rw-r--r-- | 754 bytes |
arShowParameterConditions.m | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
arSimu.m | -rw-r--r-- | 4.7 KB |
arSimuCalc.c | -rw-r--r-- | 28.0 KB |
arSimuData.m | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
arSimuNData.m | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
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arSolveSS.m | -rw-r--r-- | 2.1 KB |
arSpacedAxisLimits.m | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
arTrackEffects.m | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
arTuner.fig | -rwxr-xr-x | 8.5 KB |
arTuner.m | -rwxr-xr-x | 8.9 KB |
arWaitbar.m | -rw-r--r-- | 3.6 KB |
arWriteCFiles.m | -rwxr-xr-x | 30.4 KB |
data_template.def | -rw-r--r-- | 124 bytes |
empty.xml | -rw-r--r-- | 185 bytes |
filled.xml | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
model_template.def | -rw-r--r-- | 401 bytes |
spline.c | -rw-r--r-- | 10.1 KB |
sundials-2.4.0.tar | -rw-r--r-- | 16.6 MB |
sundials-2.5.0.tar | -rw-r--r-- | 16.8 MB |
udata.h | -rw-r--r-- | 219 bytes |