https://github.com/pysam-developers/pysam
History
Tip revision: 7d1a70e0b52ec1ac4b706f23ba45074b94d0baff authored by Andreas Heger on 28 September 2021, 14:58:19 UTC
restrict publish actions
Tip revision: 7d1a70e
File Mode Size
lz4
LICENSE -rw-r--r-- 1.7 KB
README -rw-r--r-- 5.9 KB
amplicon_stats.c -rw-r--r-- 62.5 KB
amplicon_stats.c.pysam.c -rw-r--r-- 62.7 KB
bam.c -rw-r--r-- 7.7 KB
bam.c.pysam.c -rw-r--r-- 7.7 KB
bam.h -rw-r--r-- 20.1 KB
bam2bcf.c -rw-r--r-- 30.8 KB
bam2bcf.c.pysam.c -rw-r--r-- 30.9 KB
bam2bcf.h -rw-r--r-- 5.0 KB
bam2bcf_indel.c -rw-r--r-- 23.9 KB
bam2bcf_indel.c.pysam.c -rw-r--r-- 24.1 KB
bam2depth.c -rw-r--r-- 31.1 KB
bam2depth.c.pysam.c -rw-r--r-- 31.2 KB
bam_addrprg.c -rw-r--r-- 15.5 KB
bam_addrprg.c.pysam.c -rw-r--r-- 15.8 KB
bam_ampliconclip.c -rw-r--r-- 33.4 KB
bam_ampliconclip.c.pysam.c -rw-r--r-- 33.9 KB
bam_ampliconclip.h -rw-r--r-- 1.8 KB
bam_aux.c -rw-r--r-- 2.5 KB
bam_aux.c.pysam.c -rw-r--r-- 2.5 KB
bam_cat.c -rw-r--r-- 19.4 KB
bam_cat.c.pysam.c -rw-r--r-- 19.7 KB
bam_color.c -rw-r--r-- 4.9 KB
bam_color.c.pysam.c -rw-r--r-- 4.9 KB
bam_endian.h -rw-r--r-- 2.2 KB
bam_fastq.c -rw-r--r-- 28.9 KB
bam_fastq.c.pysam.c -rw-r--r-- 29.3 KB
bam_flags.c -rw-r--r-- 3.2 KB
bam_flags.c.pysam.c -rw-r--r-- 3.2 KB
bam_import.c -rw-r--r-- 14.9 KB
bam_import.c.pysam.c -rw-r--r-- 15.0 KB
bam_index.c -rw-r--r-- 7.4 KB
bam_index.c.pysam.c -rw-r--r-- 7.6 KB
bam_lpileup.c -rw-r--r-- 6.8 KB
bam_lpileup.c.pysam.c -rw-r--r-- 6.9 KB
bam_lpileup.h -rw-r--r-- 2.0 KB
bam_markdup.c -rw-r--r-- 67.6 KB
bam_markdup.c.pysam.c -rw-r--r-- 68.3 KB
bam_mate.c -rw-r--r-- 17.9 KB
bam_mate.c.pysam.c -rw-r--r-- 18.0 KB
bam_md.c -rw-r--r-- 14.6 KB
bam_md.c.pysam.c -rw-r--r-- 14.7 KB
bam_plbuf.c -rw-r--r-- 2.1 KB
bam_plbuf.c.pysam.c -rw-r--r-- 2.1 KB
bam_plbuf.h -rw-r--r-- 1.8 KB
bam_plcmd.c -rw-r--r-- 57.1 KB
bam_plcmd.c.pysam.c -rw-r--r-- 57.5 KB
bam_quickcheck.c -rw-r--r-- 6.6 KB
bam_quickcheck.c.pysam.c -rw-r--r-- 6.7 KB
bam_reheader.c -rw-r--r-- 19.4 KB
bam_reheader.c.pysam.c -rw-r--r-- 19.7 KB
bam_rmdup.c -rw-r--r-- 10.4 KB
bam_rmdup.c.pysam.c -rw-r--r-- 10.6 KB
bam_rmdupse.c -rw-r--r-- 7.3 KB
bam_rmdupse.c.pysam.c -rw-r--r-- 7.4 KB
bam_sort.c -rw-r--r-- 92.9 KB
bam_sort.c.pysam.c -rw-r--r-- 93.2 KB
bam_split.c -rw-r--r-- 20.9 KB
bam_split.c.pysam.c -rw-r--r-- 21.0 KB
bam_stat.c -rw-r--r-- 13.3 KB
bam_stat.c.pysam.c -rw-r--r-- 14.1 KB
bamshuf.c -rw-r--r-- 19.3 KB
bamshuf.c.pysam.c -rw-r--r-- 19.5 KB
bamtk.c -rw-r--r-- 11.8 KB
bamtk.c.pysam.c -rw-r--r-- 12.3 KB
bedcov.c -rw-r--r-- 9.7 KB
bedcov.c.pysam.c -rw-r--r-- 9.8 KB
bedidx.c -rw-r--r-- 18.9 KB
bedidx.c.pysam.c -rw-r--r-- 19.1 KB
bedidx.h -rw-r--r-- 1.7 KB
coverage.c -rw-r--r-- 27.3 KB
coverage.c.pysam.c -rw-r--r-- 27.4 KB
cut_target.c -rw-r--r-- 8.7 KB
cut_target.c.pysam.c -rw-r--r-- 8.9 KB
dict.c -rw-r--r-- 5.8 KB
dict.c.pysam.c -rw-r--r-- 6.0 KB
faidx.c -rw-r--r-- 14.7 KB
faidx.c.pysam.c -rw-r--r-- 14.9 KB
padding.c -rw-r--r-- 24.8 KB
padding.c.pysam.c -rw-r--r-- 25.3 KB
phase.c -rw-r--r-- 28.7 KB
phase.c.pysam.c -rw-r--r-- 29.3 KB
sam.c -rw-r--r-- 4.8 KB
sam.c.pysam.c -rw-r--r-- 4.9 KB
sam.h -rw-r--r-- 5.4 KB
sam_opts.c -rw-r--r-- 6.8 KB
sam_opts.c.pysam.c -rw-r--r-- 6.9 KB
sam_opts.h -rw-r--r-- 4.0 KB
sam_utils.c -rw-r--r-- 4.1 KB
sam_utils.c.pysam.c -rw-r--r-- 4.2 KB
sam_view.c -rw-r--r-- 39.4 KB
sam_view.c.pysam.c -rw-r--r-- 39.7 KB
sample.c -rw-r--r-- 4.4 KB
sample.c.pysam.c -rw-r--r-- 4.5 KB
sample.h -rw-r--r-- 1.5 KB
samtools.h -rw-r--r-- 2.0 KB
samtools.pysam.c -rw-r--r-- 1.6 KB
samtools.pysam.h -rw-r--r-- 1.2 KB
stats.c -rw-r--r-- 104.7 KB
stats.c.pysam.c -rw-r--r-- 105.4 KB
stats_isize.c -rw-r--r-- 7.9 KB
stats_isize.c.pysam.c -rw-r--r-- 7.9 KB
stats_isize.h -rw-r--r-- 2.4 KB
tmp_file.c -rw-r--r-- 13.4 KB
tmp_file.c.pysam.c -rw-r--r-- 13.5 KB
tmp_file.h -rw-r--r-- 3.6 KB
version.sh -rwxr-xr-x 1.5 KB

README

back to top