https://github.com/sanger-pathogens/gubbins
Tip revision: b907ad44552e90b02f317ca662540665681e4494 authored by andrewjpage on 04 September 2017, 10:05:21 UTC
allow for AVX2
allow for AVX2
Tip revision: b907ad4
| File | Mode | Size |
|---|---|---|
| Makefile.am | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
| Newickform.c | -rw-r--r-- | 8.9 KB |
| Newickform.h | -rw-r--r-- | 2.2 KB |
| PyGubbins.cpp | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
| alignment_file.c | -rw-r--r-- | 6.8 KB |
| alignment_file.h | -rw-r--r-- | 1.7 KB |
| block_tab_file.c | -rw-r--r-- | 2.7 KB |
| block_tab_file.h | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| branch_sequences.c | -rw-r--r-- | 38.5 KB |
| branch_sequences.h | -rw-r--r-- | 4.9 KB |
| fasta_of_snp_sites.c | -rw-r--r-- | 2.0 KB |
| fasta_of_snp_sites.h | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| gff_file.c | -rw-r--r-- | 1.9 KB |
| gff_file.h | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| gubbins.c | -rw-r--r-- | 5.4 KB |
| gubbins.h | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| kseq.h | -rw-r--r-- | 8.6 KB |
| main.c | -rw-r--r-- | 5.4 KB |
| parse_phylip.c | -rw-r--r-- | 10.3 KB |
| parse_phylip.h | -rw-r--r-- | 2.9 KB |
| parse_vcf.c | -rw-r--r-- | 6.0 KB |
| parse_vcf.h | -rw-r--r-- | 1.7 KB |
| phylip_of_snp_sites.c | -rw-r--r-- | 2.3 KB |
| phylip_of_snp_sites.h | -rw-r--r-- | 1.0 KB |
| seqUtil.c | -rw-r--r-- | 2.6 KB |
| seqUtil.h | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| snp_searching.c | -rw-r--r-- | 9.8 KB |
| snp_searching.h | -rw-r--r-- | 3.4 KB |
| snp_sites.c | -rw-r--r-- | 4.9 KB |
| snp_sites.h | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| string_cat.c | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| string_cat.h | -rw-r--r-- | 1020 bytes |
| tree_scaling.c | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
| tree_scaling.h | -rw-r--r-- | 1.0 KB |
| tree_statistics.c | -rw-r--r-- | 3.2 KB |
| tree_statistics.h | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| vcf.c | -rw-r--r-- | 5.2 KB |
| vcf.h | -rw-r--r-- | 1.9 KB |
