https://github.com/ChengLiLab/myeloma
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Tip revision: 634d6aabda1b3c0bc7ddfe145dfc34b5018b6f63 authored by ChengLiLab on 17 November 2017, 12:16:24 UTC
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CNV level interactions.R -rw-r--r-- 3.9 KB
CNV_boundary_TAD_boundary.R -rw-r--r-- 4.5 KB
CNV_boundary_TAD_boundary_GM12878.R -rw-r--r-- 5.8 KB
CNV_database_Multiple_Myeloma_boudary_TAD_boundary.R -rw-r--r-- 9.5 KB
CNV_database_boudary_TAD_boundary.R -rw-r--r-- 9.5 KB
CNV_dgv.R -rw-r--r-- 11.6 KB
CombineTwoChromosomes.R -rw-r--r-- 405 bytes
Distance_distribution_of_CNV_Block_boundary_and_TAD_boudary.R -rw-r--r-- 6.0 KB
DrawCNVFigure.R -rw-r--r-- 4.7 KB
FindCompartmentBed.R -rw-r--r-- 1.8 KB
FindLocalHicMatrix.R -rw-r--r-- 686 bytes
GM12878_TAD_level_local_interactions.R -rw-r--r-- 15.7 KB
GenerateWholeGenomeMatrix.R -rw-r--r-- 1.4 KB
GetCNVofRegions.R -rw-r--r-- 954 bytes
Interactions between TADs on either side of a CNV.R -rw-r--r-- 12.8 KB
LocalIS.R -rw-r--r-- 951 bytes
MedianHicScoreInCNVBlock.R -rw-r--r-- 1.6 KB
PlotBiasOfCNV.r -rw-r--r-- 1.6 KB
PlotTransHicMatrix.R -rw-r--r-- 2.7 KB
PlotTwoChromosomeHic.R -rw-r--r-- 4.4 KB
Plot_Hi-C_and_epigenetic_peaks_and_expressions.R -rw-r--r-- 23.4 KB
RPMI8226, Interactions between TADs on either side of a CNV.R -rw-r--r-- 8.0 KB
RPMI8226_CNV_block_bias.R -rw-r--r-- 4.0 KB
U266_CNV_block_bias.R -rw-r--r-- 5.9 KB
U266_CNV_boundary_TAD_boundary.R -rw-r--r-- 6.7 KB
U266_genome_cnv_40kb.R -rw-r--r-- 2.2 KB
Whole_genome_heatmap_5M.R -rw-r--r-- 576 bytes
all_tad_boundaries.R -rw-r--r-- 1.0 KB
awk_txt2interactions.sh -rw-r--r-- 235 bytes
cnv_block_bias.R -rw-r--r-- 15.3 KB
compare_genome_cnv_and_hic_cnv_in_hori_figure.R -rw-r--r-- 7.2 KB
compare_genome_cnv_and_hic_cnv_in_single_figure.R -rw-r--r-- 2.5 KB
compartments_genes.R -rw-r--r-- 10.3 KB
epi_peaks_analysis.R -rw-r--r-- 4.3 KB
example_of_CombineTwoChromosomes.R -rw-r--r-- 727 bytes
example_of_PlotTwoChromosomeHic.R -rw-r--r-- 393 bytes
findGene.R -rw-r--r-- 2.2 KB
generate_whole_genome_heatmaps.R -rw-r--r-- 12.7 KB
getHicScore.R -rw-r--r-- 776 bytes
getLocalHeatmap_test.R -rw-r--r-- 1.4 KB
getScore.R -rw-r--r-- 1.1 KB
insulation_score_and_gene_expression.R -rw-r--r-- 5.3 KB
nearestTADDistance.R -rw-r--r-- 371 bytes
permutate_sites_tad_distance.R -rw-r--r-- 7.7 KB
permutate_sites_tad_distance_U266.R -rw-r--r-- 7.4 KB
plotMultipleData.R -rw-r--r-- 2.6 KB
plotMultipleData2.R -rw-r--r-- 7.3 KB
readme.txt -rw-r--r-- 76 bytes
rect_heatmap.R -rw-r--r-- 2.3 KB
test_tri_heatmap_and_rect_heatmap.R -rw-r--r-- 954 bytes
the relationship between TADs and AB.R -rw-r--r-- 3.6 KB
tri_heatmap.r -rw-r--r-- 1.0 KB

readme.txt

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