https://github.com/aquaskyline/16GT
Tip revision: 81837f6f405967f590993b50f1d284fdcf006a5b authored by Ruibang Luo on 08 March 2020, 06:36:29 UTC
Merge pull request #9 from animesh/master
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Tip revision: 81837f6
| File | Mode | Size |
|---|---|---|
| lib | ||
| .gitignore | -rw-r--r-- | 262 bytes |
| CPUfunctions.h | -rw-r--r-- | 897 bytes |
| CounterReader.cpp | -rw-r--r-- | 13.1 KB |
| CounterReader.h | -rw-r--r-- | 606 bytes |
| Dockerfile | -rw-r--r-- | 449 bytes |
| FisherExactTest.cpp | -rw-r--r-- | 16.7 KB |
| FisherExactTest.h | -rw-r--r-- | 912 bytes |
| HSP.h | -rw-r--r-- | 4.9 KB |
| Makefile | -rw-r--r-- | 844 bytes |
| README.md | -rw-r--r-- | 2.1 KB |
| SAMhandler.cpp | -rw-r--r-- | 2.2 KB |
| SAMhandler.h | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| SNP.cpp | -rw-r--r-- | 94.8 KB |
| SNP.h | -rw-r--r-- | 4.3 KB |
| SNPFunctions.cpp | -rw-r--r-- | 3.9 KB |
| SNPFunctions.h | -rw-r--r-- | 336 bytes |
| SNP_Caller.cpp | -rw-r--r-- | 20.9 KB |
| SNP_Caller.h | -rw-r--r-- | 2.3 KB |
| SNP_Meta.h | -rw-r--r-- | 3.4 KB |
| SNP_Stat.h | -rw-r--r-- | 3.1 KB |
| SimpleMemoryPool.h | -rw-r--r-- | 460 bytes |
| SnapshotHandler.cpp | -rw-r--r-- | 13.6 KB |
| SnapshotHandler.h | -rw-r--r-- | 477 bytes |
| VariantCaller.cpp | -rw-r--r-- | 38.4 KB |
| VariantCaller.h | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| bam.h | -rw-r--r-- | 8.8 KB |
| bam2snapshot.cpp | -rw-r--r-- | 21.4 KB |
| bam2snapshot.h | -rw-r--r-- | 2.4 KB |
| bam2snapshot.ini | -rw-r--r-- | 351 bytes |
| bgzf.h | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
| buildRegionList.cpp | -rw-r--r-- | 8.0 KB |
| bwt.h | -rw-r--r-- | 942 bytes |
| coreStruct.h | -rw-r--r-- | 3.6 KB |
| definitions.h | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| dependencies.h | -rw-r--r-- | 3.8 KB |
| filterVCF.pl | -rwxr-xr-x | 7.6 KB |
| fisher.cpp | -rw-r--r-- | 2.2 KB |
| fisher.h | -rw-r--r-- | 329 bytes |
| getIndelDetails.pl | -rw-r--r-- | 5.2 KB |
| indexFunction.cpp | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
| indexFunction.h | -rw-r--r-- | 442 bytes |
| interpreter.cpp | -rw-r--r-- | 5.8 KB |
| interpreter.h | -rw-r--r-- | 933 bytes |
| likelihood_cache.cpp | -rw-r--r-- | 7.6 KB |
| likelihood_cache.h | -rw-r--r-- | 2.1 KB |
| readIndex.cpp | -rw-r--r-- | 4.5 KB |
| readIndex.h | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| sam.h | -rw-r--r-- | 577 bytes |
| snapshotSnpcaller.cpp | -rw-r--r-- | 8.6 KB |
| snapshotSnpcaller.ini | -rw-r--r-- | 351 bytes |
| struct.h | -rw-r--r-- | 412 bytes |
| txt2vcf.pl | -rwxr-xr-x | 38.2 KB |
| ycsq.cpp | -rw-r--r-- | 901 bytes |
| ycsq.h | -rw-r--r-- | 286 bytes |
