https://github.com/mpieva/samtools-patched
Tip revision: 77ec9358089d1d0c58b3ef2037645993932617d0 authored by Udo Stenzel on 22 September 2016, 22:21:00 UTC
fixed occasionally broken index
fixed occasionally broken index
Tip revision: 77ec935
File | Mode | Size |
---|---|---|
bcftools | ||
examples | ||
misc | ||
win32 | ||
.gitignore | -rw-r--r-- | 151 bytes |
AUTHORS | -rw-r--r-- | 916 bytes |
COPYING | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
ChangeLog | -rw-r--r-- | 200.6 KB |
INSTALL | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
Makefile | -rw-r--r-- | 4.9 KB |
Makefile.mingw | -rw-r--r-- | 2.0 KB |
NEWS | -rw-r--r-- | 26.8 KB |
README.md | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
bam.c | -rw-r--r-- | 12.3 KB |
bam.h | -rw-r--r-- | 24.4 KB |
bam2bcf.c | -rw-r--r-- | 10.3 KB |
bam2bcf.h | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
bam2bcf_indel.c | -rw-r--r-- | 16.8 KB |
bam2depth.c | -rw-r--r-- | 4.4 KB |
bam_aux.c | -rw-r--r-- | 5.1 KB |
bam_cat.c | -rw-r--r-- | 5.7 KB |
bam_color.c | -rw-r--r-- | 2.7 KB |
bam_endian.h | -rw-r--r-- | 1.0 KB |
bam_import.c | -rw-r--r-- | 16.9 KB |
bam_index.c | -rw-r--r-- | 22.3 KB |
bam_index.h | -rw-r--r-- | 579 bytes |
bam_lpileup.c | -rw-r--r-- | 4.9 KB |
bam_mate.c | -rw-r--r-- | 2.5 KB |
bam_md.c | -rw-r--r-- | 12.6 KB |
bam_pileup.c | -rw-r--r-- | 12.7 KB |
bam_plcmd.c | -rw-r--r-- | 19.5 KB |
bam_reheader.c | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
bam_rmdup.c | -rw-r--r-- | 5.5 KB |
bam_rmdupse.c | -rw-r--r-- | 4.0 KB |
bam_sort.c | -rw-r--r-- | 22.3 KB |
bam_stat.c | -rw-r--r-- | 12.5 KB |
bam_stat.h | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
bam_tview.c | -rw-r--r-- | 13.3 KB |
bamtk.c | -rw-r--r-- | 5.6 KB |
bedidx.c | -rw-r--r-- | 3.8 KB |
bgzf.c | -rw-r--r-- | 19.5 KB |
bgzf.h | -rw-r--r-- | 4.5 KB |
bgzip.c | -rw-r--r-- | 5.8 KB |
cut_target.c | -rw-r--r-- | 5.5 KB |
errmod.c | -rw-r--r-- | 3.6 KB |
errmod.h | -rw-r--r-- | 453 bytes |
faidx.c | -rw-r--r-- | 10.5 KB |
faidx.h | -rw-r--r-- | 3.3 KB |
kaln.c | -rw-r--r-- | 14.9 KB |
kaln.h | -rw-r--r-- | 2.0 KB |
khash.h | -rw-r--r-- | 17.4 KB |
klist.h | -rw-r--r-- | 3.4 KB |
knetfile.c | -rw-r--r-- | 18.1 KB |
knetfile.h | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
kprobaln.c | -rw-r--r-- | 10.3 KB |
kprobaln.h | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
kseq.h | -rw-r--r-- | 8.1 KB |
ksort.h | -rw-r--r-- | 9.8 KB |
kstring.c | -rw-r--r-- | 5.2 KB |
kstring.h | -rw-r--r-- | 2.6 KB |
phase.c | -rw-r--r-- | 20.3 KB |
razf.c | -rw-r--r-- | 24.6 KB |
razf.h | -rw-r--r-- | 4.3 KB |
razip.c | -rw-r--r-- | 4.0 KB |
sam.c | -rw-r--r-- | 8.5 KB |
sam.h | -rw-r--r-- | 2.6 KB |
sam_header.c | -rw-r--r-- | 18.8 KB |
sam_header.h | -rw-r--r-- | 643 bytes |
sam_view.c | -rw-r--r-- | 18.6 KB |
sample.c | -rw-r--r-- | 2.9 KB |
sample.h | -rw-r--r-- | 396 bytes |
samtools.1 | -rw-r--r-- | 25.7 KB |