https://github.com/singhal/SqCL
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Tip revision: 910ed193551daebc597a346d123360a196d9b8cc authored by singhal on 29 April 2023, 22:10:22 UTC
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SqCL_probes_v2.fasta -rw-r--r-- 5.7 MB
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align_reads2.py -rw-r--r-- 4.8 KB
calculate_LD.py -rw-r--r-- 3.3 KB
calculate_divergence_and_Fst.py -rw-r--r-- 4.9 KB
call_variants.py -rw-r--r-- 4.0 KB
clean_reads.py -rw-r--r-- 6.5 KB
generate_shell_scripts.py -rw-r--r-- 3.1 KB
get_seq.py -rw-r--r-- 360 bytes
make_PRG.py -rw-r--r-- 3.8 KB
match_contigs_to_probes.py -rw-r--r-- 5.6 KB
phase_reads.py -rw-r--r-- 6.3 KB
phylogeny_align_genetrees.py -rw-r--r-- 7.1 KB
phylogeny_haplotype_make_alignments.py -rw-r--r-- 3.7 KB
phylogeny_make_alignments.py -rw-r--r-- 2.8 KB
phylogeny_make_concatenated.py -rw-r--r-- 2.8 KB
phylogeny_prep_astrid_astral.py -rw-r--r-- 3.3 KB
quality_1_reads.py -rw-r--r-- 2.9 KB
quality_2_assembly.py -rw-r--r-- 2.7 KB
quality_3_alignment.py -rw-r--r-- 3.7 KB
squamate_AHE_UCE_genes_loci.fasta -rw-r--r-- 3.0 MB
squamate_AHE_UCE_genes_loci2.fasta -rw-r--r-- 3.1 MB
supplemental.pdf -rw-r--r-- 1.9 MB
trinity_assembly.py -rw-r--r-- 4.6 KB

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