https://github.com/evafast/scrnaseq_paper
History
Tip revision: 231286dc1447516f938bed8191839edb554a4fd3 authored by Eva Fast on 22 December 2021, 03:43:34 UTC
Docker files + cellbrowser update
Tip revision: 231286d
File Mode Size
Docker_images
revisions
.DS_Store -rw-r--r-- 8.0 KB
.Rhistory -rw-r--r-- 0 bytes
00a_preprocess_CITEseq_demuxEM.ipynb -rw-r--r-- 3.1 MB
00b_preprocess_MPP_HSC_overlay_correct_cell_proportions.ipynb -rwxr-xr-x 11.4 KB
00c_preprocess_MPP_split_treatments.ipynb -rw-r--r-- 6.0 MB
01a_HSC_preprocessing.ipynb -rw-r--r-- 11.8 MB
01b_MPP_preprocessing.ipynb -rw-r--r-- 24.1 MB
01c_pool_HSCandMPP1_preprocessing.ipynb -rw-r--r-- 3.0 MB
02a_HSC_ct_repl1_preprocessing.ipynb -rw-r--r-- 4.5 MB
02b_HSC_ct_repl2_preprocessing.ipynb -rw-r--r-- 6.1 MB
02c_overlap_clusters_HSC_replicates.ipynb -rw-r--r-- 135.3 KB
03a_Figure1_HSC.ipynb -rw-r--r-- 6.7 MB
03b_Figure2_LSK.ipynb -rw-r--r-- 14.3 MB
03c_overlap_clusters_HSC_MPP.ipynb -rw-r--r-- 100.0 KB
03d_DPA_MPP_surface_clusters.ipynb -rw-r--r-- 430.9 KB
03e_export_to_cellbrowser.ipynb -rw-r--r-- 1.2 MB
04a_HSC_differential_analysis_MAST_full.ipynb -rw-r--r-- 70.4 KB
04b_LSK_bycluster_differential_analysis_MAST_full.ipynb -rw-r--r-- 89.4 KB
04c_MPP_bysurface_differential_analysis_MAST_full.ipynb -rw-r--r-- 76.5 KB
05a_extract_gene_expression_different_cutoffs.ipynb -rw-r--r-- 5.5 KB
05b_compare_gene_expression_GCSF.ipynb -rw-r--r-- 269.6 KB
05b_compare_gene_expression_dmPGE2.ipynb -rw-r--r-- 270.5 KB
05b_compare_gene_expression_indo.ipynb -rw-r--r-- 158.1 KB
05b_compare_gene_expression_pIC.ipynb -rw-r--r-- 267.1 KB
05c_Figure3_HSC_diff_expr.ipynb -rw-r--r-- 6.0 MB
05d_Figure3_LSK_diff_expr.ipynb -rw-r--r-- 4.1 MB
05e_Summary_differntialexpression_treatments.ipynb -rw-r--r-- 121.6 KB
05f_trajectory_analysis_indo_GCSF_ct.ipynb -rw-r--r-- 16.2 MB
06a_HSC_sexual_dimorphism_2_replicates_MAST.ipynb -rw-r--r-- 27.9 KB
06b_split_by_sex_HSC_LSK.ipynb -rw-r--r-- 2.2 MB
06c_HSC_LSK_treatment_sexual_dimorphism_MAST.ipynb -rw-r--r-- 67.8 KB
06d_compare_response_mvsf.ipynb -rw-r--r-- 271.5 KB
06e_plotting_sexualdimorphism.ipynb -rw-r--r-- 4.2 MB
06f_DPA_clusters_sexualdimorphism.ipynb -rw-r--r-- 42.3 KB
07a_scATAC_HSC_Signac_ChromVar.ipynb -rw-r--r-- 2.0 MB
07b_scATAC_preproceesing_MPPs.R -rw-r--r-- 2.6 KB
07c_scATAC_MPPs_Signac_filtering.ipynb -rw-r--r-- 328.6 KB
07d_scATAC_HSC_MPP_merge.ipynb -rw-r--r-- 17.1 KB
07e_scATAC_LSK_Signac_ChromVar_part1.ipynb -rw-r--r-- 1.8 MB
07f_scATAC_LSK_Signac_ChromVar_part2.ipynb -rw-r--r-- 372.3 KB
07g_scATAC_plotting.ipynb -rw-r--r-- 2.1 MB
LICENSE -rw-r--r-- 1.0 KB
README.md -rw-r--r-- 5.2 KB
diffprop_functions.R -rw-r--r-- 5.1 KB
helper_functions.py -rw-r--r-- 15.9 KB

README.md

back to top