File | Mode | Size |
---|---|---|
bash-tap @ c38fbfa | ||
fastahack @ c68cebb | ||
figures | ||
gcsa2 @ 4a12c6d | ||
gssw @ 15388d7 | ||
htslib @ f83dfd2 | ||
lru_cache @ 4ee97e5 | ||
progress_bar @ f5cc1d1 | ||
protobuf @ dfae9e3 | ||
results | ||
rocksdb @ 7246ad3 | ||
scripts | ||
sdsl-lite @ 25b20b0 | ||
sha1 @ 6474be9 | ||
snappy @ 1ff9be9 | ||
sparsehash @ 80b55f9 | ||
test | ||
vcflib @ 7f1575e | ||
xg @ 4cf7ff4 | ||
.dockerignore | -rw-r--r-- | 30 bytes |
.gitignore | -rw-r--r-- | 42 bytes |
.gitmodules | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
.travis.yml | -rw-r--r-- | 661 bytes |
Dockerfile | -rw-r--r-- | 687 bytes |
LICENSE | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
Makefile | -rw-r--r-- | 7.3 KB |
README.md | -rw-r--r-- | 11.7 KB |
alignment.cpp | -rw-r--r-- | 29.0 KB |
alignment.hpp | -rw-r--r-- | 4.8 KB |
bin2ascii.h | -rw-r--r-- | 5.0 KB |
caller.cpp | -rw-r--r-- | 14.4 KB |
caller.hpp | -rw-r--r-- | 6.1 KB |
colors.hpp | -rw-r--r-- | 737 bytes |
convert.hpp | -rw-r--r-- | 470 bytes |
edit.cpp | -rw-r--r-- | 2.7 KB |
edit.hpp | -rw-r--r-- | 560 bytes |
entropy.cpp | -rw-r--r-- | 736 bytes |
entropy.hpp | -rw-r--r-- | 203 bytes |
gssw_aligner.cpp | -rw-r--r-- | 8.6 KB |
gssw_aligner.hpp | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
hash_map.hpp | -rw-r--r-- | 2.1 KB |
index.cpp | -rw-r--r-- | 69.9 KB |
index.hpp | -rw-r--r-- | 16.8 KB |
json2pb.cpp | -rw-r--r-- | 8.4 KB |
json2pb.h | -rw-r--r-- | 3.5 KB |
main.cpp | -rw-r--r-- | 161.6 KB |
mapper.cpp | -rw-r--r-- | 53.5 KB |
mapper.hpp | -rw-r--r-- | 5.2 KB |
path.cpp | -rw-r--r-- | 45.7 KB |
path.hpp | -rw-r--r-- | 7.6 KB |
pictographs.hpp | -rw-r--r-- | 3.7 KB |
pileup.cpp | -rw-r--r-- | 10.5 KB |
pileup.hpp | -rw-r--r-- | 6.2 KB |
position.cpp | -rw-r--r-- | 1.3 KB |
position.hpp | -rw-r--r-- | 619 bytes |
region.cpp | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
region.hpp | -rw-r--r-- | 210 bytes |
stream.hpp | -rw-r--r-- | 6.8 KB |
swap_remove.hpp | -rw-r--r-- | 497 bytes |
types.hpp | -rw-r--r-- | 271 bytes |
utility.cpp | -rw-r--r-- | 8.0 KB |
utility.hpp | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
vg.cpp | -rw-r--r-- | 254.3 KB |
vg.hpp | -rw-r--r-- | 42.8 KB |
vg.proto | -rw-r--r-- | 5.6 KB |
vg_set.cpp | -rw-r--r-- | 9.3 KB |
vg_set.hpp | -rw-r--r-- | 2.3 KB |
vgtordf.sh | -rwxr-xr-x | 884 bytes |