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https://github.com/liaochen1988/Source_code_for_Pseudomonas_Metabolomics_Paper
24 November 2022, 11:01:15 UTC
History
Tip revision: dcc50627d31d66a9f25a4d6b60294321087edf50 authored by Chen Liao on 01 November 2021, 22:53:03 UTC
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Tip revision: dcc5062
File Mode Size
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RLQ_analysis_main.ipynb -rw-r--r-- 1.6 MB
RLQ_analysis_rnaseq_rhamnolipid.svg -rw-r--r-- 317.4 KB
RLQ_analysis_rnaseq_rhamnolipid_biosynthesis.pdf -rw-r--r-- 744.1 KB
RLQ_analysis_rnaseq_rhamnolipid_biosynthesis.png -rw-r--r-- 470.0 KB
RLQ_analysis_rnaseq_swarming.pdf -rw-r--r-- 812.8 KB
aQ_axes_of_pathways_on_RLQ_axes.csv -rw-r--r-- 107 bytes
aR_axes_of_phenotype_on_RLQ_axes.csv -rw-r--r-- 100 bytes
boxplot_individual_genes.pdf -rw-r--r-- 581.1 KB
boxplot_individual_genes.png -rw-r--r-- 467.2 KB
boxplot_individual_genes.svg -rw-r--r-- 843.3 KB
c1_loadings_of_pathways.csv -rw-r--r-- 11.7 KB
eigenvalues.csv -rw-r--r-- 52 bytes
gene_rank_rlq.csv -rw-r--r-- 99.6 KB
kegg_pathway_mapping_raw.csv -rw-r--r-- 515.9 KB
kegg_pathway_mapping_square_form_simplified.csv -rw-r--r-- 357.0 KB
l1_loadings_of_phenotype.csv -rw-r--r-- 151 bytes
lQ_scores_of_genes.csv -rw-r--r-- 68.7 KB
lR_scores_of_strains.csv -rw-r--r-- 1.6 KB
main_plot_individual_genes.ipynb -rw-r--r-- 256.8 KB
main_process_file.ipynb -rw-r--r-- 69.9 KB
make_RLQ_tables_v1.ipynb -rw-r--r-- 24.2 KB
make_RLQ_tables_v2.ipynb -rw-r--r-- 26.5 KB
map_genes_to_pathways.py -rw-r--r-- 1.9 KB
pathway_rank_rlq.csv -rw-r--r-- 7.8 KB
pca.pdf -rw-r--r-- 117.1 KB
pca.png -rw-r--r-- 57.2 KB
pca.svg -rw-r--r-- 24.3 KB
plot_RLQ_results.ipynb -rw-r--r-- 203.4 KB
processed_count_table_0915.csv -rw-r--r-- 13.2 MB
rlq_results.xlsx -rw-r--r-- 68.6 KB
tab_gene_by_function.csv -rw-r--r-- 357.0 KB
tab_strain_by_gene.csv -rw-r--r-- 807.5 KB
tab_strain_by_phenotype.csv -rw-r--r-- 389 bytes
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