https://github.com/sanger-pathogens/gubbins
Tip revision: 0dfe1234ef48c2808e9b80809ea962e87ec2054a authored by Nick Croucher on 31 October 2022, 05:28:42 UTC
Merge and improve clade analysis scripts
Merge and improve clade analysis scripts
Tip revision: 0dfe123
| File | Mode | Size |
|---|---|---|
| Makefile.am | -rw-r--r-- | 1.7 KB |
| Newickform.c | -rw-r--r-- | 9.8 KB |
| Newickform.h | -rw-r--r-- | 2.3 KB |
| PyGubbins.cpp | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
| alignment_file.c | -rw-r--r-- | 7.1 KB |
| alignment_file.h | -rw-r--r-- | 1.7 KB |
| block_tab_file.c | -rw-r--r-- | 2.8 KB |
| block_tab_file.h | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| branch_sequences.c | -rw-r--r-- | 51.4 KB |
| branch_sequences.h | -rw-r--r-- | 5.2 KB |
| csv_of_snp_sites.c | -rw-r--r-- | 4.4 KB |
| csv_of_snp_sites.h | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| fasta_of_snp_sites.c | -rw-r--r-- | 2.0 KB |
| fasta_of_snp_sites.h | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| gff_file.c | -rw-r--r-- | 1.9 KB |
| gff_file.h | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| gubbins.c | -rw-r--r-- | 5.8 KB |
| gubbins.h | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| kseq.h | -rw-r--r-- | 8.6 KB |
| main.c | -rw-r--r-- | 6.6 KB |
| parse_phylip.c | -rw-r--r-- | 11.1 KB |
| parse_phylip.h | -rw-r--r-- | 3.1 KB |
| parse_vcf.c | -rw-r--r-- | 6.1 KB |
| parse_vcf.h | -rw-r--r-- | 1.7 KB |
| phylip_of_snp_sites.c | -rw-r--r-- | 2.3 KB |
| phylip_of_snp_sites.h | -rw-r--r-- | 1.0 KB |
| seqUtil.c | -rw-r--r-- | 2.6 KB |
| seqUtil.h | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
| snp_searching.c | -rw-r--r-- | 9.9 KB |
| snp_searching.h | -rw-r--r-- | 3.4 KB |
| snp_sites.c | -rw-r--r-- | 5.2 KB |
| snp_sites.h | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| string_cat.c | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| string_cat.h | -rw-r--r-- | 1020 bytes |
| tree_scaling.c | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
| tree_scaling.h | -rw-r--r-- | 1.0 KB |
| tree_statistics.c | -rw-r--r-- | 3.4 KB |
| tree_statistics.h | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| vcf.c | -rw-r--r-- | 5.2 KB |
| vcf.h | -rw-r--r-- | 1.9 KB |
