https://github.com/lh3/bwa
Tip revision: 6fbc92af85f6c29a5cd6119c3061a68552149026 authored by Mishali Naik on 06 July 2015, 22:16:44 UTC
Exit when filter_and_extend optimizations ran incorrectly
Exit when filter_and_extend optimizations ran incorrectly
Tip revision: 6fbc92a
File | Mode | Size |
---|---|---|
bwakit | ||
intel_opt | ||
.gitignore | -rw-r--r-- | 55 bytes |
.travis.yml | -rw-r--r-- | 53 bytes |
COPYING | -rw-r--r-- | 34.3 KB |
ChangeLog | -rw-r--r-- | 122.7 KB |
Makefile | -rw-r--r-- | 4.3 KB |
NEWS.md | -rw-r--r-- | 37.2 KB |
QSufSort.c | -rw-r--r-- | 12.3 KB |
QSufSort.h | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
README-alt.md | -rw-r--r-- | 9.2 KB |
README.md | -rw-r--r-- | 8.3 KB |
bamlite.c | -rw-r--r-- | 6.0 KB |
bamlite.h | -rw-r--r-- | 3.1 KB |
bntseq.c | -rw-r--r-- | 13.5 KB |
bntseq.h | -rw-r--r-- | 2.7 KB |
bwa.1 | -rw-r--r-- | 25.5 KB |
bwa.c | -rw-r--r-- | 13.3 KB |
bwa.h | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
bwamem.c | -rw-r--r-- | 46.7 KB |
bwamem.h | -rw-r--r-- | 7.8 KB |
bwamem_extra.c | -rw-r--r-- | 5.3 KB |
bwamem_pair.c | -rw-r--r-- | 16.8 KB |
bwape.c | -rw-r--r-- | 28.7 KB |
bwase.c | -rw-r--r-- | 19.0 KB |
bwase.h | -rw-r--r-- | 1.0 KB |
bwaseqio.c | -rw-r--r-- | 6.7 KB |
bwashm.c | -rw-r--r-- | 5.7 KB |
bwt.c | -rw-r--r-- | 15.0 KB |
bwt.h | -rw-r--r-- | 4.8 KB |
bwt_gen.c | -rw-r--r-- | 52.7 KB |
bwt_lite.c | -rw-r--r-- | 2.6 KB |
bwt_lite.h | -rw-r--r-- | 653 bytes |
bwtaln.c | -rw-r--r-- | 10.7 KB |
bwtaln.h | -rw-r--r-- | 3.7 KB |
bwtgap.c | -rw-r--r-- | 8.9 KB |
bwtgap.h | -rw-r--r-- | 999 bytes |
bwtindex.c | -rw-r--r-- | 8.7 KB |
bwtsw2.h | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
bwtsw2_aux.c | -rw-r--r-- | 24.4 KB |
bwtsw2_chain.c | -rw-r--r-- | 3.0 KB |
bwtsw2_core.c | -rw-r--r-- | 18.5 KB |
bwtsw2_main.c | -rw-r--r-- | 3.7 KB |
bwtsw2_pair.c | -rw-r--r-- | 10.1 KB |
check_avx2_support.c | -rw-r--r-- | 155 bytes |
example.c | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
fastmap.c | -rw-r--r-- | 18.9 KB |
hsw.c | -rw-r--r-- | 2.2 KB |
intel_ext.cpp | -rw-r--r-- | 3.8 KB |
intel_ext.h | -rw-r--r-- | 831 bytes |
is.c | -rw-r--r-- | 6.5 KB |
kbtree.h | -rw-r--r-- | 15.5 KB |
khash.h | -rw-r--r-- | 20.4 KB |
kopen.c | -rw-r--r-- | 9.5 KB |
kseq.h | -rw-r--r-- | 8.6 KB |
ksort.h | -rw-r--r-- | 9.5 KB |
kstring.c | -rw-r--r-- | 703 bytes |
kstring.h | -rw-r--r-- | 2.3 KB |
ksw.c | -rw-r--r-- | 25.5 KB |
ksw.h | -rw-r--r-- | 5.0 KB |
kthread.c | -rw-r--r-- | 3.6 KB |
kvec.h | -rw-r--r-- | 2.9 KB |
main.c | -rw-r--r-- | 4.5 KB |
malloc_wrap.c | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
malloc_wrap.h | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
maxk.c | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
pemerge.c | -rw-r--r-- | 8.6 KB |
qualfa2fq.pl | -rwxr-xr-x | 616 bytes |
utils.c | -rw-r--r-- | 6.8 KB |
utils.h | -rw-r--r-- | 3.7 KB |
xa2multi.pl | -rwxr-xr-x | 730 bytes |