https://github.com/satijalab/seurat
Tip revision: c54e57d3423b3f711ccd463e14965cc8de86c31b authored by David Collins on 19 March 2024, 12:18:35 UTC
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Tip revision: c54e57d
| File | Mode | Size |
|---|---|---|
| roxygen | ||
| AddAzimuthResults.Rd | -rw-r--r-- | 674 bytes |
| AddAzimuthScores.Rd | -rw-r--r-- | 594 bytes |
| AddModuleScore.Rd | -rw-r--r-- | 2.5 KB |
| AggregateExpression.Rd | -rw-r--r-- | 2.1 KB |
| AnchorSet-class.Rd | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
| AnnotateAnchors.Rd | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| Assay-class.Rd | -rw-r--r-- | 407 bytes |
| AugmentPlot.Rd | -rw-r--r-- | 846 bytes |
| AutoPointSize.Rd | -rw-r--r-- | 597 bytes |
| AverageExpression.Rd | -rw-r--r-- | 2.4 KB |
| BGTextColor.Rd | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| BarcodeInflectionsPlot.Rd | -rw-r--r-- | 1.0 KB |
| BridgeCellsRepresentation.Rd | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
| BridgeReferenceSet-class.Rd | -rw-r--r-- | 734 bytes |
| BuildClusterTree.Rd | -rw-r--r-- | 2.0 KB |
| BuildNicheAssay.Rd | -rw-r--r-- | 908 bytes |
| CCAIntegration.Rd | -rw-r--r-- | 3.9 KB |
| CalcDispersion.Rd | -rw-r--r-- | 752 bytes |
| CalcPerturbSig.Rd | -rw-r--r-- | 1.9 KB |
| CalculateBarcodeInflections.Rd | -rw-r--r-- | 2.4 KB |
| CaseMatch.Rd | -rw-r--r-- | 602 bytes |
| CellCycleScoring.Rd | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| CellScatter.Rd | -rw-r--r-- | 1.3 KB |
| CellSelector.Rd | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| Cells.Rd | -rw-r--r-- | 582 bytes |
| CellsByImage.Rd | -rw-r--r-- | 645 bytes |
| CollapseEmbeddingOutliers.Rd | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| CollapseSpeciesExpressionMatrix.Rd | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
| ColorDimSplit.Rd | -rw-r--r-- | 4.4 KB |
| CombinePlots.Rd | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| CountSketch.Rd | -rw-r--r-- | 765 bytes |
| CreateCategoryMatrix.Rd | -rw-r--r-- | 539 bytes |
| CreateSCTAssayObject.Rd | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| CustomDistance.Rd | -rw-r--r-- | 825 bytes |
| CustomPalette.Rd | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| DEenrichRPlot.Rd | -rw-r--r-- | 4.4 KB |
| DISP.Rd | -rw-r--r-- | 458 bytes |
| DietSeurat.Rd | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| DimHeatmap.Rd | -rw-r--r-- | 2.4 KB |
| DimPlot.Rd | -rw-r--r-- | 4.8 KB |
| DimReduc-class.Rd | -rw-r--r-- | 454 bytes |
| DiscretePalette.Rd | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| DoHeatmap.Rd | -rw-r--r-- | 2.5 KB |
| DotPlot.Rd | -rw-r--r-- | 2.7 KB |
| ElbowPlot.Rd | -rw-r--r-- | 800 bytes |
| ExpMean.Rd | -rw-r--r-- | 466 bytes |
| ExpSD.Rd | -rw-r--r-- | 439 bytes |
| ExpVar.Rd | -rw-r--r-- | 429 bytes |
| FastRPCAIntegration.Rd | -rw-r--r-- | 2.4 KB |
| FastRowScale.Rd | -rw-r--r-- | 704 bytes |
| FeaturePlot.Rd | -rw-r--r-- | 5.6 KB |
| FeatureScatter.Rd | -rw-r--r-- | 2.7 KB |
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| FetchResiduals.Rd | -rw-r--r-- | 1.7 KB |
| FetchResiduals_reference.Rd | -rw-r--r-- | 758 bytes |
| FilterSlideSeq.Rd | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| FindAllMarkers.Rd | -rw-r--r-- | 6.9 KB |
| FindBridgeAnchor.Rd | -rw-r--r-- | 2.8 KB |
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| FindBridgeTransferAnchors.Rd | -rw-r--r-- | 2.3 KB |
| FindClusters.Rd | -rw-r--r-- | 3.2 KB |
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| FindIntegrationAnchors.Rd | -rw-r--r-- | 5.8 KB |
| FindMarkers.Rd | -rw-r--r-- | 11.4 KB |
| FindMultiModalNeighbors.Rd | -rw-r--r-- | 2.3 KB |
| FindNeighbors.Rd | -rw-r--r-- | 5.3 KB |
| FindSpatiallyVariableFeatures.Rd | -rw-r--r-- | 2.8 KB |
| FindSubCluster.Rd | -rw-r--r-- | 1.0 KB |
| FindTransferAnchors.Rd | -rw-r--r-- | 8.1 KB |
| FindVariableFeatures.Rd | -rw-r--r-- | 4.7 KB |
| FoldChange.Rd | -rw-r--r-- | 3.4 KB |
| GaussianSketch.Rd | -rw-r--r-- | 534 bytes |
| GetAssay.Rd | -rw-r--r-- | 609 bytes |
| GetImage.Rd | -rw-r--r-- | 832 bytes |
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| GetResidual.Rd | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
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| GetTransferPredictions.Rd | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
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| GroupCorrelation.Rd | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| GroupCorrelationPlot.Rd | -rw-r--r-- | 850 bytes |
| HTODemux.Rd | -rw-r--r-- | 2.0 KB |
| HTOHeatmap.Rd | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| HVFInfo.SCTAssay.Rd | -rw-r--r-- | 757 bytes |
| HarmonyIntegration.Rd | -rw-r--r-- | 2.9 KB |
| HoverLocator.Rd | -rw-r--r-- | 956 bytes |
| IFeaturePlot.Rd | -rw-r--r-- | 805 bytes |
| ISpatialDimPlot.Rd | -rw-r--r-- | 771 bytes |
| ISpatialFeaturePlot.Rd | -rw-r--r-- | 872 bytes |
| ImageDimPlot.Rd | -rw-r--r-- | 3.3 KB |
| ImageFeaturePlot.Rd | -rw-r--r-- | 4.4 KB |
| IntegrateData.Rd | -rw-r--r-- | 5.9 KB |
| IntegrateEmbeddings.Rd | -rw-r--r-- | 4.2 KB |
| IntegrateLayers.Rd | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| IntegrationAnchorSet-class.Rd | -rw-r--r-- | 406 bytes |
| IntegrationData-class.Rd | -rw-r--r-- | 941 bytes |
| JackStraw.Rd | -rw-r--r-- | 1.7 KB |
| JackStrawData-class.Rd | -rw-r--r-- | 402 bytes |
| JackStrawPlot.Rd | -rw-r--r-- | 1.7 KB |
| JointPCAIntegration.Rd | -rw-r--r-- | 3.0 KB |
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| L2Dim.Rd | -rw-r--r-- | 609 bytes |
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| LabelPoints.Rd | -rw-r--r-- | 1.3 KB |
| LeverageScore.Rd | -rw-r--r-- | 2.6 KB |
| LinkedPlots.Rd | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
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| LoadCurioSeeker.Rd | -rw-r--r-- | 541 bytes |
| LoadSTARmap.Rd | -rw-r--r-- | 1.0 KB |
| LocalStruct.Rd | -rw-r--r-- | 1.3 KB |
| LogNormalize.Rd | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| LogVMR.Rd | -rw-r--r-- | 489 bytes |
| MULTIseqDemux.Rd | -rw-r--r-- | 1.3 KB |
| MVP.Rd | -rw-r--r-- | 714 bytes |
| MapQuery.Rd | -rw-r--r-- | 3.0 KB |
| MappingScore.Rd | -rw-r--r-- | 2.8 KB |
| MetaFeature.Rd | -rw-r--r-- | 1008 bytes |
| MinMax.Rd | -rw-r--r-- | 690 bytes |
| MixingMetric.Rd | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| MixscapeHeatmap.Rd | -rw-r--r-- | 5.1 KB |
| MixscapeLDA.Rd | -rw-r--r-- | 1.7 KB |
| ModalityWeights-class.Rd | -rw-r--r-- | 1012 bytes |
| NNPlot.Rd | -rw-r--r-- | 1.9 KB |
| NNtoGraph.Rd | -rw-r--r-- | 564 bytes |
| Neighbor-class.Rd | -rw-r--r-- | 372 bytes |
| NormalizeData.Rd | -rw-r--r-- | 2.1 KB |
| PCASigGenes.Rd | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| PercentAbove.Rd | -rw-r--r-- | 574 bytes |
| PercentageFeatureSet.Rd | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| PlotClusterTree.Rd | -rw-r--r-- | 908 bytes |
| PlotPerturbScore.Rd | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
| PolyDimPlot.Rd | -rw-r--r-- | 846 bytes |
| PolyFeaturePlot.Rd | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| PredictAssay.Rd | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| PrepLDA.Rd | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
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| PrepareBridgeReference.Rd | -rw-r--r-- | 3.1 KB |
| ProjectCellEmbeddings.Rd | -rw-r--r-- | 2.9 KB |
| ProjectData.Rd | -rw-r--r-- | 1.9 KB |
| ProjectDim.Rd | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| ProjectDimReduc.Rd | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| ProjectIntegration.Rd | -rw-r--r-- | 2.2 KB |
| ProjectUMAP.Rd | -rw-r--r-- | 3.1 KB |
| PseudobulkExpression.Rd | -rw-r--r-- | 417 bytes |
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| Radius.Rd | -rw-r--r-- | 500 bytes |
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| Read10X_h5.Rd | -rw-r--r-- | 726 bytes |
| Read10X_probe_metadata.Rd | -rw-r--r-- | 662 bytes |
| ReadAkoya.Rd | -rw-r--r-- | 2.7 KB |
| ReadMtx.Rd | -rw-r--r-- | 1.9 KB |
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| ReadSTARsolo.Rd | -rw-r--r-- | 398 bytes |
| ReadSlideSeq.Rd | -rw-r--r-- | 508 bytes |
| ReadVitessce.Rd | -rw-r--r-- | 3.5 KB |
| ReadVizgen.Rd | -rw-r--r-- | 5.0 KB |
| ReadXenium.Rd | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
| RegroupIdents.Rd | -rw-r--r-- | 603 bytes |
| RelativeCounts.Rd | -rw-r--r-- | 794 bytes |
| RenameCells.Rd | -rw-r--r-- | 793 bytes |
| RidgePlot.Rd | -rw-r--r-- | 2.0 KB |
| RunCCA.Rd | -rw-r--r-- | 2.5 KB |
| RunGraphLaplacian.Rd | -rw-r--r-- | 1.3 KB |
| RunICA.Rd | -rw-r--r-- | 2.2 KB |
| RunLDA.Rd | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| RunMarkVario.Rd | -rw-r--r-- | 633 bytes |
| RunMixscape.Rd | -rw-r--r-- | 3.0 KB |
| RunMoransI.Rd | -rw-r--r-- | 475 bytes |
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| RunSLSI.Rd | -rw-r--r-- | 1.7 KB |
| RunSPCA.Rd | -rw-r--r-- | 2.6 KB |
| RunTSNE.Rd | -rw-r--r-- | 2.8 KB |
| RunUMAP.Rd | -rw-r--r-- | 9.4 KB |
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| SCTResults.Rd | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| SCTransform.Rd | -rw-r--r-- | 6.0 KB |
| STARmap-class.Rd | -rw-r--r-- | 705 bytes |
| SampleUMI.Rd | -rw-r--r-- | 813 bytes |
| SaveAnnoyIndex.Rd | -rw-r--r-- | 380 bytes |
| ScaleData.Rd | -rw-r--r-- | 3.8 KB |
| ScaleFactors.Rd | -rw-r--r-- | 907 bytes |
| ScoreJackStraw.Rd | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
| SelectIntegrationFeatures.Rd | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
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| SetIntegrationData.Rd | -rw-r--r-- | 531 bytes |
| SetQuantile.Rd | -rw-r--r-- | 750 bytes |
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| Seurat-package.Rd | -rw-r--r-- | 4.5 KB |
| SeuratCommand-class.Rd | -rw-r--r-- | 402 bytes |
| SeuratTheme.Rd | -rw-r--r-- | 3.0 KB |
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| SingleDimPlot.Rd | -rw-r--r-- | 2.6 KB |
| SingleExIPlot.Rd | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| SingleImageMap.Rd | -rw-r--r-- | 605 bytes |
| SingleImagePlot.Rd | -rw-r--r-- | 2.9 KB |
| SingleRasterMap.Rd | -rw-r--r-- | 1.0 KB |
| SingleSpatialPlot.Rd | -rw-r--r-- | 2.0 KB |
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| SpatialImage-class.Rd | -rw-r--r-- | 396 bytes |
| SpatialPlot.Rd | -rw-r--r-- | 5.8 KB |
| SplitObject.Rd | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| SubsetByBarcodeInflections.Rd | -rw-r--r-- | 1.0 KB |
| TopCells.Rd | -rw-r--r-- | 890 bytes |
| TopFeatures.Rd | -rw-r--r-- | 982 bytes |
| TopNeighbors.Rd | -rw-r--r-- | 478 bytes |
| TransferAnchorSet-class.Rd | -rw-r--r-- | 394 bytes |
| TransferData.Rd | -rw-r--r-- | 6.6 KB |
| TransferSketchLabels.Rd | -rw-r--r-- | 1.7 KB |
| UnSketchEmbeddings.Rd | -rw-r--r-- | 587 bytes |
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| UpdateSymbolList.Rd | -rw-r--r-- | 2.2 KB |
| VST.Rd | -rw-r--r-- | 1.7 KB |
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| VisiumV1-class.Rd | -rw-r--r-- | 767 bytes |
| VizDimLoadings.Rd | -rw-r--r-- | 1.3 KB |
| VlnPlot.Rd | -rw-r--r-- | 2.7 KB |
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| cc.genes.Rd | -rw-r--r-- | 492 bytes |
| cc.genes.updated.2019.Rd | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| contrast-theory.Rd | -rw-r--r-- | 718 bytes |
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| reexports.Rd | -rw-r--r-- | 4.0 KB |
| subset.AnchorSet.Rd | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| writing-integration.Rd | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
