Revision 2126f527add1c02cd9490a520d647b0700a18a2c authored by Nicholas Wu on 12 December 2021, 06:28:43 UTC, committed by Nicholas Wu on 12 December 2021, 06:28:43 UTC
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| File | Mode | Size |
|---|---|---|
| Add_regression.ipynb | -rw-r--r-- | 3.5 MB |
| Coevolution_analysis_NA.ipynb | -rw-r--r-- | 37.4 KB |
| Distance_sidechain.py | -rw-r--r-- | 2.8 KB |
| Evolution_modeling.py | -rw-r--r-- | 6.8 KB |
| ExtractSweep.py | -rw-r--r-- | 6.1 KB |
| GE_regression.ipynb | -rw-r--r-- | 5.4 MB |
| GE_regression_v2.ipynb | -rw-r--r-- | 11.8 MB |
| HA_regression.ipynb | -rw-r--r-- | 2.1 MB |
| NAEpi_PrefEvol.py | -rw-r--r-- | 5.0 KB |
| NA_epi.pml | -rw-r--r-- | 986 bytes |
| NA_epi_bind.pml | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| NA_epi_zoom.pml | -rw-r--r-- | 823 bytes |
| NAepi_fit_to_pref.py | -rw-r--r-- | 2.4 KB |
| Plot_CompareLib.R | -rw-r--r-- | 3.4 KB |
| Plot_CompareRep.R | -rw-r--r-- | 2.2 KB |
| Plot_CorEPI.R | -rw-r--r-- | 5.1 KB |
| Plot_CorEPI_HA.R | -rw-r--r-- | 5.5 KB |
| Plot_Distance_vs_EPI.R | -rw-r--r-- | 4.3 KB |
| Plot_Mutation_year.R | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| Plot_NA_titer.R | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| Plot_Nat_motif_Freq.R | -rw-r--r-- | 1.1 KB |
| Plot_TrackPref.R | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| Plot_add_heatmap.R | -rw-r--r-- | 2.0 KB |
| Plot_beeswarm.R | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| Plot_charge_vs_fit.R | -rw-r--r-- | 2.1 KB |
| Plot_epi_heatmap.R | -rw-r--r-- | 4.8 KB |
| Plot_epi_heatmap_bycharge.R | -rw-r--r-- | 3.5 KB |
| Plot_epi_vs_Coevol.R | -rw-r--r-- | 4.5 KB |
| Plot_freqcng.R | -rw-r--r-- | 2.0 KB |
| Plot_hyperpar_R2.R | -rw-r--r-- | 4.0 KB |
| Plot_trajectory_prediction.R | -rw-r--r-- | 2.9 KB |
| TrackAAFreq.R | -rw-r--r-- | 3.0 KB |
| TrackAAFreq_fluB.R | -rw-r--r-- | 7.3 KB |
| analyze_charge_natural_strain.py | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| cal_freqchg.py | -rw-r--r-- | 756 bytes |
| cal_freqchg_Byyear.R | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| compile_fit_result.py | -rw-r--r-- | 3.8 KB |
| fastq_to_fitness.py | -rw-r--r-- | 5.2 KB |
| mut_freq_ByYear.py | -rw-r--r-- | 3.3 KB |
| plot_charge_natural_strain.R | -rw-r--r-- | 2.8 KB |
| residues_cluster.ipynb | -rw-r--r-- | 992.3 KB |
| sequence_logo.py | -rw-r--r-- | 2.7 KB |
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