swh:1:snp:db729908d1cfe485303084fad7619a9d74607423
History
Tip revision: 6a97436ee25ea81e2297a9431a191d58cf8756f5 authored by Rob Davies on 12 September 2024, 15:18:46 UTC
Merge version number bump and NEWS.md file from master
Tip revision: 6a97436
File Mode Size
.ci_helpers
.github
doc
examples
lz4
m4
misc
test
.appveyor.yml -rw-r--r-- 2.5 KB
.cirrus.yml -rw-r--r-- 5.2 KB
.gitattributes -rw-r--r-- 619 bytes
.gitignore -rw-r--r-- 304 bytes
AUTHORS -rw-r--r-- 828 bytes
ChangeLog.old -rw-r--r-- 113.6 KB
INSTALL -rw-r--r-- 10.3 KB
LICENSE -rw-r--r-- 1.7 KB
Makefile -rw-r--r-- 18.3 KB
NEWS.md -rw-r--r-- 105.4 KB
README -rw-r--r-- 5.9 KB
README.md -rw-r--r-- 3.6 KB
amplicon_stats.c -rw-r--r-- 63.0 KB
bam.c -rw-r--r-- 8.8 KB
bam.h -rw-r--r-- 1.5 KB
bam2bcf.c -rw-r--r-- 4.3 KB
bam2bcf.h -rw-r--r-- 2.0 KB
bam2depth.c -rw-r--r-- 32.6 KB
bam_addrprg.c -rw-r--r-- 15.5 KB
bam_ampliconclip.c -rw-r--r-- 39.1 KB
bam_ampliconclip.h -rw-r--r-- 1.9 KB
bam_aux.c -rw-r--r-- 2.1 KB
bam_cat.c -rw-r--r-- 33.3 KB
bam_color.c -rw-r--r-- 4.9 KB
bam_consensus.c -rw-r--r-- 97.6 KB
bam_fastq.c -rw-r--r-- 35.6 KB
bam_flags.c -rw-r--r-- 3.2 KB
bam_import.c -rw-r--r-- 17.0 KB
bam_index.c -rw-r--r-- 9.5 KB
bam_lpileup.c -rw-r--r-- 6.8 KB
bam_lpileup.h -rw-r--r-- 2.0 KB
bam_markdup.c -rw-r--r-- 83.0 KB
bam_mate.c -rw-r--r-- 40.3 KB
bam_md.c -rw-r--r-- 18.2 KB
bam_plbuf.c -rw-r--r-- 2.1 KB
bam_plbuf.h -rw-r--r-- 1.8 KB
bam_plcmd.c -rw-r--r-- 45.7 KB
bam_quickcheck.c -rw-r--r-- 6.6 KB
bam_reheader.c -rw-r--r-- 19.6 KB
bam_rmdup.c -rw-r--r-- 10.4 KB
bam_rmdupse.c -rw-r--r-- 7.3 KB
bam_samples.c -rw-r--r-- 14.3 KB
bam_sort.c -rw-r--r-- 131.4 KB
bam_split.c -rw-r--r-- 31.4 KB
bam_stat.c -rw-r--r-- 13.3 KB
bam_tview.c -rw-r--r-- 19.4 KB
bam_tview.h -rw-r--r-- 3.5 KB
bam_tview_curses.c -rw-r--r-- 16.1 KB
bam_tview_html.c -rw-r--r-- 10.8 KB
bamshuf.c -rw-r--r-- 20.1 KB
bamtk.c -rw-r--r-- 13.2 KB
bedcov.c -rw-r--r-- 11.4 KB
bedidx.c -rw-r--r-- 19.6 KB
bedidx.h -rw-r--r-- 1.7 KB
config.mk.in -rw-r--r-- 2.1 KB
configure.ac -rw-r--r-- 5.6 KB
consensus_pileup.c -rw-r--r-- 18.5 KB
consensus_pileup.h -rw-r--r-- 4.5 KB
coverage.c -rw-r--r-- 28.4 KB
cram_size.c -rw-r--r-- 20.1 KB
cut_target.c -rw-r--r-- 8.7 KB
dict.c -rw-r--r-- 7.3 KB
faidx.c -rw-r--r-- 19.4 KB
install-sh -rwxr-xr-x 14.3 KB
padding.c -rw-r--r-- 24.8 KB
phase.c -rw-r--r-- 29.4 KB
reference.c -rw-r--r-- 18.2 KB
reset.c -rw-r--r-- 21.7 KB
sam_opts.c -rw-r--r-- 6.8 KB
sam_opts.h -rw-r--r-- 4.0 KB
sam_utils.c -rw-r--r-- 5.7 KB
sam_utils.h -rw-r--r-- 3.3 KB
sam_view.c -rw-r--r-- 61.6 KB
sample.c -rw-r--r-- 4.4 KB
sample.h -rw-r--r-- 1.5 KB
samtools.h -rw-r--r-- 1.9 KB
splaysort.h -rw-r--r-- 14.3 KB
stats.c -rw-r--r-- 106.9 KB
stats_isize.c -rw-r--r-- 7.9 KB
stats_isize.h -rw-r--r-- 2.4 KB
tmp_file.c -rw-r--r-- 13.5 KB
tmp_file.h -rw-r--r-- 3.6 KB
version.sh -rwxr-xr-x 1.5 KB

README.md

back to top