https://github.com/samtools/samtools
History
Tip revision: 7ace6c23711dee07137c1654bb97a1e659b0e5c4 authored by John Marshall on 01 July 2014, 15:17:05 UTC
Report index and region failures rather than crashing
Tip revision: 7ace6c2
File Mode Size
examples
misc
test
win32
.gitattributes -rw-r--r-- 212 bytes
.gitignore -rw-r--r-- 159 bytes
.travis.yml -rw-r--r-- 419 bytes
AUTHORS -rw-r--r-- 828 bytes
COPYING -rw-r--r-- 1.1 KB
ChangeLog.old -rw-r--r-- 113.6 KB
INSTALL -rw-r--r-- 1.1 KB
Makefile -rw-r--r-- 10.7 KB
Makefile.mingw -rw-r--r-- 2.0 KB
NEWS -rw-r--r-- 27.5 KB
README.md -rw-r--r-- 481 bytes
bam.c -rw-r--r-- 5.4 KB
bam.h -rw-r--r-- 19.5 KB
bam2bcf.c -rw-r--r-- 26.9 KB
bam2bcf.h -rw-r--r-- 3.5 KB
bam2bcf_indel.c -rw-r--r-- 18.3 KB
bam2depth.c -rw-r--r-- 6.4 KB
bam_aux.c -rw-r--r-- 1.1 KB
bam_cat.c -rw-r--r-- 5.2 KB
bam_color.c -rw-r--r-- 3.3 KB
bam_endian.h -rw-r--r-- 1.0 KB
bam_flags.c -rw-r--r-- 1.9 KB
bam_import.c -rw-r--r-- 1.0 KB
bam_index.c -rw-r--r-- 2.1 KB
bam_lpileup.c -rw-r--r-- 4.9 KB
bam_lpileup.h -rw-r--r-- 878 bytes
bam_mate.c -rw-r--r-- 11.6 KB
bam_md.c -rw-r--r-- 12.7 KB
bam_plbuf.c -rw-r--r-- 908 bytes
bam_plbuf.h -rw-r--r-- 668 bytes
bam_plcmd.c -rw-r--r-- 33.5 KB
bam_reheader.c -rw-r--r-- 1.3 KB
bam_rmdup.c -rw-r--r-- 5.5 KB
bam_rmdupse.c -rw-r--r-- 4.0 KB
bam_sort.c -rw-r--r-- 38.7 KB
bam_split.c -rw-r--r-- 14.5 KB
bam_stat.c -rw-r--r-- 3.2 KB
bam_tview.c -rw-r--r-- 13.2 KB
bam_tview.h -rw-r--r-- 2.0 KB
bam_tview_curses.c -rw-r--r-- 8.0 KB
bam_tview_html.c -rw-r--r-- 8.2 KB
bamshuf.c -rw-r--r-- 3.6 KB
bamtk.c -rw-r--r-- 6.7 KB
bedcov.c -rw-r--r-- 3.3 KB
bedidx.c -rw-r--r-- 6.5 KB
cut_target.c -rw-r--r-- 5.8 KB
errmod.c -rw-r--r-- 4.5 KB
errmod.h -rw-r--r-- 443 bytes
faidx.c -rw-r--r-- 1.4 KB
kaln.c -rw-r--r-- 14.9 KB
kaln.h -rw-r--r-- 2.0 KB
kprobaln.c -rw-r--r-- 10.4 KB
kprobaln.h -rw-r--r-- 1.5 KB
padding.c -rw-r--r-- 17.1 KB
phase.c -rw-r--r-- 20.5 KB
sam.c -rw-r--r-- 2.3 KB
sam.h -rw-r--r-- 2.8 KB
sam_header.c -rw-r--r-- 20.8 KB
sam_header.h -rw-r--r-- 1.6 KB
sam_view.c -rw-r--r-- 21.2 KB
sample.c -rw-r--r-- 2.9 KB
sample.h -rw-r--r-- 403 bytes
samtools.1 -rw-r--r-- 30.9 KB
samtools.h -rw-r--r-- 176 bytes
stats.c -rw-r--r-- 59.5 KB
stats_isize.c -rw-r--r-- 6.4 KB
stats_isize.h -rw-r--r-- 1.3 KB

README.md

back to top