https://github.com/samtools/samtools
History
Tip revision: 45f6165b3eadf96f7b6a562114ab47f9a4ed3b26 authored by Rob Davies on 21 February 2022, 11:43:13 UTC
Release 1.15
Tip revision: 45f6165
File Mode Size
.ci_helpers
.github
doc
examples
lz4
m4
misc
test
.appveyor.yml -rw-r--r-- 2.4 KB
.cirrus.yml -rw-r--r-- 4.2 KB
.gitattributes -rw-r--r-- 484 bytes
.gitignore -rw-r--r-- 304 bytes
AUTHORS -rw-r--r-- 828 bytes
ChangeLog.old -rw-r--r-- 113.6 KB
INSTALL -rw-r--r-- 9.9 KB
LICENSE -rw-r--r-- 1.7 KB
Makefile -rw-r--r-- 17.3 KB
NEWS -rw-r--r-- 79.5 KB
README -rw-r--r-- 5.9 KB
README.md -rw-r--r-- 3.6 KB
amplicon_stats.c -rw-r--r-- 62.5 KB
bam.c -rw-r--r-- 6.3 KB
bam.h -rw-r--r-- 1.3 KB
bam2bcf.c -rw-r--r-- 4.1 KB
bam2bcf.h -rw-r--r-- 2.0 KB
bam2depth.c -rw-r--r-- 31.6 KB
bam_addrprg.c -rw-r--r-- 15.5 KB
bam_ampliconclip.c -rw-r--r-- 33.4 KB
bam_ampliconclip.h -rw-r--r-- 1.8 KB
bam_aux.c -rw-r--r-- 2.1 KB
bam_cat.c -rw-r--r-- 19.4 KB
bam_color.c -rw-r--r-- 4.9 KB
bam_consensus.c -rw-r--r-- 55.0 KB
bam_fastq.c -rw-r--r-- 29.0 KB
bam_flags.c -rw-r--r-- 3.2 KB
bam_import.c -rw-r--r-- 15.3 KB
bam_index.c -rw-r--r-- 7.4 KB
bam_lpileup.c -rw-r--r-- 6.8 KB
bam_lpileup.h -rw-r--r-- 2.0 KB
bam_markdup.c -rw-r--r-- 71.1 KB
bam_mate.c -rw-r--r-- 17.9 KB
bam_md.c -rw-r--r-- 14.6 KB
bam_plbuf.c -rw-r--r-- 2.1 KB
bam_plbuf.h -rw-r--r-- 2.1 KB
bam_plcmd.c -rw-r--r-- 44.6 KB
bam_quickcheck.c -rw-r--r-- 6.6 KB
bam_reheader.c -rw-r--r-- 19.4 KB
bam_rmdup.c -rw-r--r-- 10.4 KB
bam_rmdupse.c -rw-r--r-- 7.3 KB
bam_samples.c -rw-r--r-- 14.3 KB
bam_sort.c -rw-r--r-- 94.8 KB
bam_split.c -rw-r--r-- 20.9 KB
bam_stat.c -rw-r--r-- 13.3 KB
bam_tview.c -rw-r--r-- 19.4 KB
bam_tview.h -rw-r--r-- 3.5 KB
bam_tview_curses.c -rw-r--r-- 16.2 KB
bam_tview_html.c -rw-r--r-- 10.8 KB
bamshuf.c -rw-r--r-- 19.3 KB
bamtk.c -rw-r--r-- 12.3 KB
bedcov.c -rw-r--r-- 9.8 KB
bedidx.c -rw-r--r-- 18.9 KB
bedidx.h -rw-r--r-- 1.7 KB
config.mk.in -rw-r--r-- 2.1 KB
configure.ac -rw-r--r-- 5.6 KB
consensus_pileup.c -rw-r--r-- 18.1 KB
consensus_pileup.h -rw-r--r-- 3.5 KB
coverage.c -rw-r--r-- 27.3 KB
cut_target.c -rw-r--r-- 8.7 KB
dict.c -rw-r--r-- 5.8 KB
faidx.c -rw-r--r-- 14.7 KB
install-sh -rwxr-xr-x 14.3 KB
padding.c -rw-r--r-- 24.8 KB
phase.c -rw-r--r-- 28.9 KB
sam_opts.c -rw-r--r-- 6.8 KB
sam_opts.h -rw-r--r-- 4.0 KB
sam_utils.c -rw-r--r-- 4.5 KB
sam_view.c -rw-r--r-- 56.1 KB
sample.c -rw-r--r-- 4.4 KB
sample.h -rw-r--r-- 1.5 KB
samtools.h -rw-r--r-- 2.4 KB
splaysort.h -rw-r--r-- 14.3 KB
stats.c -rw-r--r-- 104.9 KB
stats_isize.c -rw-r--r-- 7.9 KB
stats_isize.h -rw-r--r-- 2.4 KB
tmp_file.c -rw-r--r-- 13.4 KB
tmp_file.h -rw-r--r-- 3.6 KB
version.sh -rwxr-xr-x 1.5 KB

README.md

back to top