https://github.com/samtools/samtools
Tip revision: 0eb784acfc8d6c474e03e11631cc0f46f25f42d1 authored by Andrew Whitwham on 05 April 2024, 09:41:14 UTC
Spring 2024 copyright update.
Spring 2024 copyright update.
Tip revision: 0eb784a
| File | Mode | Size |
|---|---|---|
| .ci_helpers | ||
| .github | ||
| doc | ||
| examples | ||
| lz4 | ||
| m4 | ||
| misc | ||
| test | ||
| .appveyor.yml | -rw-r--r-- | 2.4 KB |
| .cirrus.yml | -rw-r--r-- | 4.4 KB |
| .gitattributes | -rw-r--r-- | 484 bytes |
| .gitignore | -rw-r--r-- | 304 bytes |
| AUTHORS | -rw-r--r-- | 828 bytes |
| ChangeLog.old | -rw-r--r-- | 113.6 KB |
| INSTALL | -rw-r--r-- | 9.9 KB |
| LICENSE | -rw-r--r-- | 1.7 KB |
| Makefile | -rw-r--r-- | 18.2 KB |
| NEWS.md | -rw-r--r-- | 97.3 KB |
| README | -rw-r--r-- | 5.9 KB |
| README.md | -rw-r--r-- | 3.6 KB |
| amplicon_stats.c | -rw-r--r-- | 63.0 KB |
| bam.c | -rw-r--r-- | 8.8 KB |
| bam.h | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
| bam2bcf.c | -rw-r--r-- | 4.3 KB |
| bam2bcf.h | -rw-r--r-- | 2.0 KB |
| bam2depth.c | -rw-r--r-- | 33.8 KB |
| bam_addrprg.c | -rw-r--r-- | 15.5 KB |
| bam_ampliconclip.c | -rw-r--r-- | 35.1 KB |
| bam_ampliconclip.h | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
| bam_aux.c | -rw-r--r-- | 2.1 KB |
| bam_cat.c | -rw-r--r-- | 20.8 KB |
| bam_color.c | -rw-r--r-- | 4.9 KB |
| bam_consensus.c | -rw-r--r-- | 97.5 KB |
| bam_fastq.c | -rw-r--r-- | 35.5 KB |
| bam_flags.c | -rw-r--r-- | 3.2 KB |
| bam_import.c | -rw-r--r-- | 17.0 KB |
| bam_index.c | -rw-r--r-- | 9.2 KB |
| bam_lpileup.c | -rw-r--r-- | 6.8 KB |
| bam_lpileup.h | -rw-r--r-- | 2.0 KB |
| bam_markdup.c | -rw-r--r-- | 83.0 KB |
| bam_mate.c | -rw-r--r-- | 40.4 KB |
| bam_md.c | -rw-r--r-- | 18.2 KB |
| bam_plbuf.c | -rw-r--r-- | 2.1 KB |
| bam_plbuf.h | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
| bam_plcmd.c | -rw-r--r-- | 45.6 KB |
| bam_quickcheck.c | -rw-r--r-- | 6.6 KB |
| bam_reheader.c | -rw-r--r-- | 19.6 KB |
| bam_rmdup.c | -rw-r--r-- | 10.4 KB |
| bam_rmdupse.c | -rw-r--r-- | 7.3 KB |
| bam_samples.c | -rw-r--r-- | 14.3 KB |
| bam_sort.c | -rw-r--r-- | 131.2 KB |
| bam_split.c | -rw-r--r-- | 31.4 KB |
| bam_stat.c | -rw-r--r-- | 13.3 KB |
| bam_tview.c | -rw-r--r-- | 19.5 KB |
| bam_tview.h | -rw-r--r-- | 3.5 KB |
| bam_tview_curses.c | -rw-r--r-- | 16.1 KB |
| bam_tview_html.c | -rw-r--r-- | 10.8 KB |
| bamshuf.c | -rw-r--r-- | 20.1 KB |
| bamtk.c | -rw-r--r-- | 13.2 KB |
| bedcov.c | -rw-r--r-- | 10.8 KB |
| bedidx.c | -rw-r--r-- | 19.5 KB |
| bedidx.h | -rw-r--r-- | 1.7 KB |
| config.mk.in | -rw-r--r-- | 2.1 KB |
| configure.ac | -rw-r--r-- | 5.6 KB |
| consensus_pileup.c | -rw-r--r-- | 18.5 KB |
| consensus_pileup.h | -rw-r--r-- | 4.5 KB |
| coverage.c | -rw-r--r-- | 27.9 KB |
| cram_size.c | -rw-r--r-- | 20.1 KB |
| cut_target.c | -rw-r--r-- | 8.7 KB |
| dict.c | -rw-r--r-- | 7.3 KB |
| faidx.c | -rw-r--r-- | 15.0 KB |
| install-sh | -rwxr-xr-x | 14.3 KB |
| padding.c | -rw-r--r-- | 24.8 KB |
| phase.c | -rw-r--r-- | 28.9 KB |
| reference.c | -rw-r--r-- | 18.2 KB |
| reset.c | -rw-r--r-- | 20.2 KB |
| sam_opts.c | -rw-r--r-- | 6.8 KB |
| sam_opts.h | -rw-r--r-- | 4.0 KB |
| sam_utils.c | -rw-r--r-- | 5.7 KB |
| sam_utils.h | -rw-r--r-- | 3.3 KB |
| sam_view.c | -rw-r--r-- | 61.6 KB |
| sample.c | -rw-r--r-- | 4.4 KB |
| sample.h | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
| samtools.h | -rw-r--r-- | 1.9 KB |
| splaysort.h | -rw-r--r-- | 14.3 KB |
| stats.c | -rw-r--r-- | 106.9 KB |
| stats_isize.c | -rw-r--r-- | 7.9 KB |
| stats_isize.h | -rw-r--r-- | 2.4 KB |
| tmp_file.c | -rw-r--r-- | 13.4 KB |
| tmp_file.h | -rw-r--r-- | 3.6 KB |
| version.sh | -rwxr-xr-x | 1.5 KB |
