https://github.com/lh3/bwa
Tip revision: 6fbc92af85f6c29a5cd6119c3061a68552149026 authored by Mishali Naik on 06 July 2015, 22:16:44 UTC
Exit when filter_and_extend optimizations ran incorrectly
Exit when filter_and_extend optimizations ran incorrectly
Tip revision: 6fbc92a
| File | Mode | Size |
|---|---|---|
| bwakit | ||
| intel_opt | ||
| .gitignore | -rw-r--r-- | 55 bytes |
| .travis.yml | -rw-r--r-- | 53 bytes |
| COPYING | -rw-r--r-- | 34.3 KB |
| ChangeLog | -rw-r--r-- | 122.7 KB |
| Makefile | -rw-r--r-- | 4.3 KB |
| NEWS.md | -rw-r--r-- | 37.2 KB |
| QSufSort.c | -rw-r--r-- | 12.3 KB |
| QSufSort.h | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| README-alt.md | -rw-r--r-- | 9.2 KB |
| README.md | -rw-r--r-- | 8.3 KB |
| bamlite.c | -rw-r--r-- | 6.0 KB |
| bamlite.h | -rw-r--r-- | 3.1 KB |
| bntseq.c | -rw-r--r-- | 13.5 KB |
| bntseq.h | -rw-r--r-- | 2.7 KB |
| bwa.1 | -rw-r--r-- | 25.5 KB |
| bwa.c | -rw-r--r-- | 13.3 KB |
| bwa.h | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
| bwamem.c | -rw-r--r-- | 46.7 KB |
| bwamem.h | -rw-r--r-- | 7.8 KB |
| bwamem_extra.c | -rw-r--r-- | 5.3 KB |
| bwamem_pair.c | -rw-r--r-- | 16.8 KB |
| bwape.c | -rw-r--r-- | 28.7 KB |
| bwase.c | -rw-r--r-- | 19.0 KB |
| bwase.h | -rw-r--r-- | 1.0 KB |
| bwaseqio.c | -rw-r--r-- | 6.7 KB |
| bwashm.c | -rw-r--r-- | 5.7 KB |
| bwt.c | -rw-r--r-- | 15.0 KB |
| bwt.h | -rw-r--r-- | 4.8 KB |
| bwt_gen.c | -rw-r--r-- | 52.7 KB |
| bwt_lite.c | -rw-r--r-- | 2.6 KB |
| bwt_lite.h | -rw-r--r-- | 653 bytes |
| bwtaln.c | -rw-r--r-- | 10.7 KB |
| bwtaln.h | -rw-r--r-- | 3.7 KB |
| bwtgap.c | -rw-r--r-- | 8.9 KB |
| bwtgap.h | -rw-r--r-- | 999 bytes |
| bwtindex.c | -rw-r--r-- | 8.7 KB |
| bwtsw2.h | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
| bwtsw2_aux.c | -rw-r--r-- | 24.4 KB |
| bwtsw2_chain.c | -rw-r--r-- | 3.0 KB |
| bwtsw2_core.c | -rw-r--r-- | 18.5 KB |
| bwtsw2_main.c | -rw-r--r-- | 3.7 KB |
| bwtsw2_pair.c | -rw-r--r-- | 10.1 KB |
| check_avx2_support.c | -rw-r--r-- | 155 bytes |
| example.c | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
| fastmap.c | -rw-r--r-- | 18.9 KB |
| hsw.c | -rw-r--r-- | 2.2 KB |
| intel_ext.cpp | -rw-r--r-- | 3.8 KB |
| intel_ext.h | -rw-r--r-- | 831 bytes |
| is.c | -rw-r--r-- | 6.5 KB |
| kbtree.h | -rw-r--r-- | 15.5 KB |
| khash.h | -rw-r--r-- | 20.4 KB |
| kopen.c | -rw-r--r-- | 9.5 KB |
| kseq.h | -rw-r--r-- | 8.6 KB |
| ksort.h | -rw-r--r-- | 9.5 KB |
| kstring.c | -rw-r--r-- | 703 bytes |
| kstring.h | -rw-r--r-- | 2.3 KB |
| ksw.c | -rw-r--r-- | 25.5 KB |
| ksw.h | -rw-r--r-- | 5.0 KB |
| kthread.c | -rw-r--r-- | 3.6 KB |
| kvec.h | -rw-r--r-- | 2.9 KB |
| main.c | -rw-r--r-- | 4.5 KB |
| malloc_wrap.c | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| malloc_wrap.h | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| maxk.c | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| pemerge.c | -rw-r--r-- | 8.6 KB |
| qualfa2fq.pl | -rwxr-xr-x | 616 bytes |
| utils.c | -rw-r--r-- | 6.8 KB |
| utils.h | -rw-r--r-- | 3.7 KB |
| xa2multi.pl | -rwxr-xr-x | 730 bytes |
