https://github.com/lh3/bwa
Tip revision: 08764215c6615ea52894e1ce9cd10d2a2faa37a6 authored by Heng Li on 31 May 2016, 13:43:16 UTC
Merge branch 'dev'
Merge branch 'dev'
Tip revision: 0876421
| File | Mode | Size |
|---|---|---|
| bwakit | ||
| .gitignore | -rw-r--r-- | 55 bytes |
| .travis.yml | -rw-r--r-- | 53 bytes |
| COPYING | -rw-r--r-- | 34.3 KB |
| ChangeLog | -rw-r--r-- | 122.7 KB |
| Makefile | -rw-r--r-- | 3.2 KB |
| NEWS.md | -rw-r--r-- | 38.6 KB |
| QSufSort.c | -rw-r--r-- | 12.3 KB |
| QSufSort.h | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| README-alt.md | -rw-r--r-- | 9.2 KB |
| README.md | -rw-r--r-- | 8.3 KB |
| bamlite.c | -rw-r--r-- | 6.0 KB |
| bamlite.h | -rw-r--r-- | 3.1 KB |
| bntseq.c | -rw-r--r-- | 13.5 KB |
| bntseq.h | -rw-r--r-- | 2.7 KB |
| bwa.1 | -rw-r--r-- | 25.6 KB |
| bwa.c | -rw-r--r-- | 13.4 KB |
| bwa.h | -rw-r--r-- | 2.0 KB |
| bwamem.c | -rw-r--r-- | 45.5 KB |
| bwamem.h | -rw-r--r-- | 7.7 KB |
| bwamem_extra.c | -rw-r--r-- | 4.3 KB |
| bwamem_pair.c | -rw-r--r-- | 16.8 KB |
| bwape.c | -rw-r--r-- | 28.7 KB |
| bwase.c | -rw-r--r-- | 19.1 KB |
| bwase.h | -rw-r--r-- | 1.0 KB |
| bwaseqio.c | -rw-r--r-- | 6.7 KB |
| bwashm.c | -rw-r--r-- | 5.7 KB |
| bwt.c | -rw-r--r-- | 15.0 KB |
| bwt.h | -rw-r--r-- | 4.8 KB |
| bwt_gen.c | -rw-r--r-- | 52.7 KB |
| bwt_lite.c | -rw-r--r-- | 2.6 KB |
| bwt_lite.h | -rw-r--r-- | 653 bytes |
| bwtaln.c | -rw-r--r-- | 10.7 KB |
| bwtaln.h | -rw-r--r-- | 3.7 KB |
| bwtgap.c | -rw-r--r-- | 8.9 KB |
| bwtgap.h | -rw-r--r-- | 999 bytes |
| bwtindex.c | -rw-r--r-- | 9.6 KB |
| bwtsw2.h | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
| bwtsw2_aux.c | -rw-r--r-- | 24.4 KB |
| bwtsw2_chain.c | -rw-r--r-- | 3.0 KB |
| bwtsw2_core.c | -rw-r--r-- | 18.5 KB |
| bwtsw2_main.c | -rw-r--r-- | 3.7 KB |
| bwtsw2_pair.c | -rw-r--r-- | 10.1 KB |
| example.c | -rw-r--r-- | 1.8 KB |
| fastmap.c | -rw-r--r-- | 18.0 KB |
| is.c | -rw-r--r-- | 6.5 KB |
| kbtree.h | -rw-r--r-- | 15.5 KB |
| khash.h | -rw-r--r-- | 20.4 KB |
| kopen.c | -rw-r--r-- | 9.5 KB |
| kseq.h | -rw-r--r-- | 8.6 KB |
| ksort.h | -rw-r--r-- | 9.5 KB |
| kstring.c | -rw-r--r-- | 703 bytes |
| kstring.h | -rw-r--r-- | 2.3 KB |
| ksw.c | -rw-r--r-- | 25.5 KB |
| ksw.h | -rw-r--r-- | 5.0 KB |
| kthread.c | -rw-r--r-- | 3.6 KB |
| kvec.h | -rw-r--r-- | 2.9 KB |
| main.c | -rw-r--r-- | 4.5 KB |
| malloc_wrap.c | -rw-r--r-- | 1.4 KB |
| malloc_wrap.h | -rw-r--r-- | 1.2 KB |
| maxk.c | -rw-r--r-- | 1.6 KB |
| pemerge.c | -rw-r--r-- | 8.6 KB |
| qualfa2fq.pl | -rwxr-xr-x | 617 bytes |
| rle.c | -rw-r--r-- | 4.7 KB |
| rle.h | -rw-r--r-- | 1.9 KB |
| rope.c | -rw-r--r-- | 8.8 KB |
| rope.h | -rw-r--r-- | 1.5 KB |
| utils.c | -rw-r--r-- | 6.8 KB |
| utils.h | -rw-r--r-- | 3.7 KB |
| xa2multi.pl | -rwxr-xr-x | 731 bytes |
